scripts/pts_to_landmarks.sh

   1 #! /bin/sh
   2
   3 ###############################################################################
   4 #
   5 # FILE: pts_to_landmarks
   6 # AUTHOR: Vivien Delmon
   7 #
   8 # Conversion from landmarks in the format used in clitkCalculateTRE (.pts)
   9 # to the format used in VV (.txt).
  10 #
  11 ###############################################################################
  12
  13 if [ $# -ne 2 ]; then
  14   echo "Usage: $0 input.pts output.txt" 1>&2
  15   exit 1
  16 fi
  17
  18 to_append=`mktemp`
  19 to_prepend=`mktemp`
  20 pts_file_spaced=`mktemp`
  21
  22 for i in $(seq 0 $((`cat $1 | wc -l` - 1)));
  23 do
  24   echo "0 0" >> $to_append
  25   echo $i >> $to_prepend
  26 done
  27
  28 echo "LANDMARKS1" > $2
  29 cat $1 | sed -e 's/\s/ /g' >> $pts_file_spaced
  30 paste -d ' ' $to_prepend $pts_file_spaced $to_append >> $2
  31
  32 rm $to_append $to_prepend $pts_file_spaced