segmentation/clitkAnatomicalFeatureDatabase.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
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  19 // clitk
  20 #include "clitkAnatomicalFeatureDatabase.h"
  21
  22 // std
  23 #include <iterator>
  24 #include <sstream>
  25 #include <cctype>
  26 #include <functional>
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 clitk::AnatomicalFeatureDatabase::AnatomicalFeatureDatabase()
  30 {
  31   SetFilename("default.afdb");
  32   SetPath("./");
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Pointer clitk::AnatomicalFeatureDatabase::New(std::string filename)
  39 {
  40   Pointer a = AnatomicalFeatureDatabase::New();
  41   a->SetFilename(filename);
  42   a->Load();
  43   return a;
  44 }
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46
  47
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Write()
  50 {
  51   // open file
  52   std::ofstream os;
  53   openFileForWriting(os, GetFilename());
  54   MapTagType::const_iterator iter = m_MapOfTag.begin();
  55   while (iter != m_MapOfTag.end()) {
  56     os << iter->first << " " << iter->second << std::endl;
  57     iter++;
  58   }
  59   os.close();
  60 }
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 //http://stackoverflow.com/questions/216823/whats-the-best-way-to-trim-stdstring
  66 // trim from start
  67 static inline std::string &ltrim(std::string &s) {
  68   s.erase(s.begin(), std::find_if(s.begin(), s.end(), std::not1(std::ptr_fun<int, int>(std::isspace))));
  69   return s;
  70 }
  71 // trim from end
  72 static inline std::string &rtrim(std::string &s) {
  73   s.erase(std::find_if(s.rbegin(), s.rend(), std::not1(std::ptr_fun<int, int>(std::isspace))).base(), s.end());
  74   return s;
  75 }
  76 // trim from both ends
  77 static inline std::string &trim(std::string &s) {
  78   return ltrim(rtrim(s));
  79 }
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81
  82
  83 //--------------------------------------------------------------------
  84 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Load()
  85 {
  86   m_MapOfTag.clear();
  87   // open file
  88   std::ifstream is;
  89   openFileForReading(is, GetFilename());
  90   // load line by line string/string
  91   while (!is.fail()) {
  92     std::string tag;
  93     is >> tag;
  94     if (tag != "") {
  95       std::string value;
  96       std::getline(is,value,'\n');
  97       ltrim(value); // remove leading space
  98       m_MapOfTag[tag] = value;
  99     }
 100   }
 101   is.close();
 102 }
 103 //--------------------------------------------------------------------
 104
 105
 106 //--------------------------------------------------------------------
 107 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
 108 {
 109 #if ITK_VERSION_MAJOR > 3
 110   std::ostringstream value;
 111 #else
 112   ::itk::OStringStream value;
 113 #endif
 114   value << p[0] << " " << p[1] << " " << p[2];
 115   m_MapOfTag[tag] = value.str();
 116 }
 117 //--------------------------------------------------------------------
 118
 119
 120 //--------------------------------------------------------------------
 121 double clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetPoint3D(std::string tag, int dim)
 122 {
 123   PointType3D p;
 124   GetPoint3D(tag, p);
 125   return p[dim];
 126 }
 127 //--------------------------------------------------------------------
 128
 129
 130 //--------------------------------------------------------------------
 131 std::string clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetTagValue(std::string tag)
 132 {
 133   if (!TagExist(tag)) {
 134     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> in the DB");
 135     return "";
 136   }
 137   std::string s = m_MapOfTag[tag];
 138   return s;
 139 }
 140 //--------------------------------------------------------------------
 141
 142
 143 //--------------------------------------------------------------------
 144 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
 145 {
 146   if (!TagExist(tag)) {
 147     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type Point3D in the DB");
 148     return;
 149   }
 150
 151   std::string s = m_MapOfTag[tag];
 152
 153   // construct a stream from the string
 154   std::stringstream strstr(s);
 155
 156   // use stream iterators to copy the stream to the vector as
 157   // whitespace separated strings
 158   std::istream_iterator<std::string> it(strstr);
 159   std::istream_iterator<std::string> end;
 160   std::vector<std::string> results(it, end);
 161
 162   // parse the string into 3 doubles
 163   for(int i=0; i<3; i++) {
 164
 165     if (!clitk::fromString<double>(p[i], results[i].c_str())) {
 166       clitkExceptionMacro("Error while reading Point3D, could not convert '"
 167                           << results[i].c_str() << "' into double.");
 168     }
 169   }
 170 }
 171 //--------------------------------------------------------------------
 172
 173
 174 //--------------------------------------------------------------------
 175 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetImageFilename(std::string tag, std::string f)
 176 {
 177   m_MapOfTag[tag] = f;
 178 }
 179 //--------------------------------------------------------------------
 180
 181
 182 //--------------------------------------------------------------------
 183 bool clitk::AnatomicalFeatureDatabase::TagExist(std::string tag)
 184 {
 185   return (m_MapOfTag.find(tag) != m_MapOfTag.end());
 186 }
 187 //--------------------------------------------------------------------
 188
 189
 190 //--------------------------------------------------------------------
 191 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetDouble(std::string tag, double value)
 192 {
 193   m_MapOfTag[tag] = clitk::toString(value);
 194 }
 195 //--------------------------------------------------------------------
 196
 197
 198 //--------------------------------------------------------------------
 199 double clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetDouble(std::string tag)
 200 {
 201   if (!TagExist(tag)) {
 202     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type Double in the DB");
 203     return -1;
 204   }
 205
 206   double a;
 207   if (!clitk::fromString<double>(a, m_MapOfTag[tag])) {
 208     clitkExceptionMacro("Error while reading Double (tag='" << tag << "'), could not convert '"
 209                         << m_MapOfTag[tag] << "' into double.");
 210   }
 211   return a;
 212 }
 213 //--------------------------------------------------------------------
 214
 215
 216 //--------------------------------------------------------------------
 217 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::RemoveTag(TagType tag)
 218 {
 219   if (TagExist(tag)) {
 220     m_MapOfTag.erase(m_MapOfTag.find(tag));
 221   }
 222 }
 223 //--------------------------------------------------------------------