segmentation/clitkAnatomicalFeatureDatabase.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 // clitk
  20 #include "clitkAnatomicalFeatureDatabase.h"
  21
  22 // std
  23 #include <iterator>
  24 #include <sstream>
  25 #include <cctype>
  26 #include <functional>
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 clitk::AnatomicalFeatureDatabase::AnatomicalFeatureDatabase()
  30 {
  31   SetFilename("default.afdb");
  32   SetPath("./");
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Pointer clitk::AnatomicalFeatureDatabase::New(std::string filename)
  39 {
  40   Pointer a = AnatomicalFeatureDatabase::New();
  41   a->SetFilename(filename);
  42   a->Load();
  43   return a;
  44 }
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46
  47
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Write()
  50 {
  51   // open file
  52   std::ofstream os;
  53   openFileForWriting(os, GetFilename());
  54   MapTagType::const_iterator iter = m_MapOfTag.begin();
  55   while (iter != m_MapOfTag.end()) {
  56     os << iter->first << " " << iter->second << std::endl;
  57     iter++;
  58   }
  59   os.close();
  60 }
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 //http://stackoverflow.com/questions/216823/whats-the-best-way-to-trim-stdstring
  66 // trim from start
  67 static inline std::string &ltrim(std::string &s) {
  68   s.erase(s.begin(), std::find_if(s.begin(), s.end(), std::not1(std::ptr_fun<int, int>(std::isspace))));
  69   return s;
  70 }
  71 // trim from end
  72 static inline std::string &rtrim(std::string &s) {
  73   s.erase(std::find_if(s.rbegin(), s.rend(), std::not1(std::ptr_fun<int, int>(std::isspace))).base(), s.end());
  74   return s;
  75 }
  76 // trim from both ends
  77 static inline std::string &trim(std::string &s) {
  78   return ltrim(rtrim(s));
  79 }
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81
  82
  83 //--------------------------------------------------------------------
  84 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Load()
  85 {
  86   m_MapOfTag.clear();
  87   // open file
  88   std::ifstream is;
  89   openFileForReading(is, GetFilename());
  90   // load line by line string/string
  91   while (!is.fail()) {
  92     std::string tag;
  93     is >> tag;
  94     if (tag != "") {
  95       std::string value;
  96       std::getline(is,value,'\n');
  97       ltrim(value); // remove leading space
  98       m_MapOfTag[tag] = value;
  99     }
 100   }
 101   is.close();
 102 }
 103 //--------------------------------------------------------------------
 104
 105
 106 //--------------------------------------------------------------------
 107 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
 108 {
 109   std::ostringstream value;
 110   value << p[0] << " " << p[1] << " " << p[2];
 111   m_MapOfTag[tag] = value.str();
 112 }
 113 //--------------------------------------------------------------------
 114
 115
 116 //--------------------------------------------------------------------
 117 double clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetPoint3D(std::string tag, int dim)
 118 {
 119   PointType3D p;
 120   GetPoint3D(tag, p);
 121   return p[dim];
 122 }
 123 //--------------------------------------------------------------------
 124
 125
 126 //--------------------------------------------------------------------
 127 std::string clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetTagValue(std::string tag)
 128 {
 129   if (!TagExist(tag)) {
 130     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> in the DB");
 131     return "";
 132   }
 133   std::string s = m_MapOfTag[tag];
 134   return s;
 135 }
 136 //--------------------------------------------------------------------
 137
 138
 139 //--------------------------------------------------------------------
 140 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
 141 {
 142   if (!TagExist(tag)) {
 143     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type Point3D in the DB");
 144     return;
 145   }
 146
 147   std::string s = m_MapOfTag[tag];
 148
 149   // construct a stream from the string
 150   std::stringstream strstr(s);
 151
 152   // use stream iterators to copy the stream to the vector as
 153   // whitespace separated strings
 154   std::istream_iterator<std::string> it(strstr);
 155   std::istream_iterator<std::string> end;
 156   std::vector<std::string> results(it, end);
 157
 158   // parse the string into 3 doubles
 159   for(int i=0; i<3; i++) {
 160
 161     if (!clitk::fromString<double>(p[i], results[i].c_str())) {
 162       clitkExceptionMacro("Error while reading Point3D, could not convert '"
 163                           << results[i].c_str() << "' into double.");
 164     }
 165   }
 166 }
 167 //--------------------------------------------------------------------
 168
 169
 170 //--------------------------------------------------------------------
 171 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetImageFilename(std::string tag, std::string f)
 172 {
 173   m_MapOfTag[tag] = f;
 174 }
 175 //--------------------------------------------------------------------
 176
 177
 178 //--------------------------------------------------------------------
 179 bool clitk::AnatomicalFeatureDatabase::TagExist(std::string tag)
 180 {
 181   return (m_MapOfTag.find(tag) != m_MapOfTag.end());
 182 }
 183 //--------------------------------------------------------------------
 184
 185
 186 //--------------------------------------------------------------------
 187 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetDouble(std::string tag, double value)
 188 {
 189   m_MapOfTag[tag] = clitk::toString(value);
 190 }
 191 //--------------------------------------------------------------------
 192
 193
 194 //--------------------------------------------------------------------
 195 double clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetDouble(std::string tag)
 196 {
 197   if (!TagExist(tag)) {
 198     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type Double in the DB");
 199     return -1;
 200   }
 201
 202   double a;
 203   if (!clitk::fromString<double>(a, m_MapOfTag[tag])) {
 204     clitkExceptionMacro("Error while reading Double (tag='" << tag << "'), could not convert '"
 205                         << m_MapOfTag[tag] << "' into double.");
 206   }
 207   return a;
 208 }
 209 //--------------------------------------------------------------------
 210
 211
 212 //--------------------------------------------------------------------
 213 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::RemoveTag(TagType tag)
 214 {
 215   if (TagExist(tag)) {
 216     m_MapOfTag.erase(m_MapOfTag.find(tag));
 217   }
 218 }
 219 //--------------------------------------------------------------------