segmentation/clitkAnatomicalFeatureDatabase.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // clitk
  20 #include "clitkAnatomicalFeatureDatabase.h"
  21
  22 // std
  23 #include <iterator>
  24 #include <sstream>
  25
  26 //--------------------------------------------------------------------
  27 clitk::AnatomicalFeatureDatabase::AnatomicalFeatureDatabase()
  28 {
  29   SetFilename("noname.afdb");
  30 }
  31 //--------------------------------------------------------------------
  32
  33
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Write()
  36 {
  37   // open file
  38   std::ofstream os;
  39   openFileForWriting(os, GetFilename());
  40   MapTagType::const_iterator iter = m_MapOfTag.begin();
  41   while (iter != m_MapOfTag.end()) {
  42     os << iter->first << " " << iter->second << std::endl;
  43     iter++;
  44   }
  45   os.close();
  46 }
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48
  49
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Load()
  52 {
  53   // open file
  54   std::ifstream is;
  55   openFileForReading(is, GetFilename());
  56   // load line by line string/string
  57   while (!is.fail()) {
  58     std::string tag;
  59     is >> tag;
  60     std::string value;
  61     std::getline(is,value,'\n');
  62     m_MapOfTag[tag] = value;
  63   }
  64 }
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68 //--------------------------------------------------------------------
  69 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
  70 {
  71   ::itk::OStringStream value;
  72   value << p[0] << " " << p[1] << " " << p[2];
  73   m_MapOfTag[tag] = value.str();
  74 }
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76
  77
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
  80 {
  81   if (m_MapOfTag.find(tag) == m_MapOfTag.end()) {
  82     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type Point3D in the DB");
  83   }
  84   else {
  85     std::string s = m_MapOfTag[tag];
  86
  87     // construct a stream from the string
  88     std::stringstream strstr(s);
  89
  90     // use stream iterators to copy the stream to the vector as
  91     // whitespace separated strings
  92     std::istream_iterator<std::string> it(strstr);
  93     std::istream_iterator<std::string> end;
  94     std::vector<std::string> results(it, end);
  95
  96     // parse the string into 3 doubles
  97     for(int i=0; i<3; i++) {
  98       DD(results[i]);
  99       p[i] = atof(results[i].c_str());
 100       DD(p[i]);
 101     }
 102
 103     /*
 104     // boost
 105     #include <boost/foreach.hpp>
 106     #include <boost/tokenizer.hpp>
 107     // parse the string into 3 doubles
 108     boost::char_separator<char> sep(", ");
 109     boost::tokenizer<boost::char_separator<char> > tokens(s, sep);
 110     int i=0;
 111     BOOST_FOREACH(std::string t, tokens) {
 112       std::cout << t << "." << std::endl;
 113       p[i] = atof(t.c_str());
 114       i++;
 115     }
 116     */
 117   }
 118 }
 119 //--------------------------------------------------------------------
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