segmentation/clitkAnatomicalFeatureDatabase.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // clitk
  20 #include "clitkAnatomicalFeatureDatabase.h"
  21
  22 // std
  23 #include <iterator>
  24 #include <sstream>
  25
  26 //--------------------------------------------------------------------
  27 clitk::AnatomicalFeatureDatabase::AnatomicalFeatureDatabase()
  28 {
  29   SetFilename("noname.afdb");
  30 }
  31 //--------------------------------------------------------------------
  32
  33
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Write()
  36 {
  37   // open file
  38   std::ofstream os;
  39   openFileForWriting(os, GetFilename());
  40   MapTagType::const_iterator iter = m_MapOfTag.begin();
  41   while (iter != m_MapOfTag.end()) {
  42     os << iter->first << " " << iter->second << std::endl;
  43     iter++;
  44   }
  45   os.close();
  46 }
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48
  49
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51 //http://stackoverflow.com/questions/216823/whats-the-best-way-to-trim-stdstring
  52 // trim from start
  53 static inline std::string &ltrim(std::string &s) {
  54   s.erase(s.begin(), std::find_if(s.begin(), s.end(), std::not1(std::ptr_fun<int, int>(std::isspace))));
  55   return s;
  56 }
  57 // trim from end
  58 static inline std::string &rtrim(std::string &s) {
  59   s.erase(std::find_if(s.rbegin(), s.rend(), std::not1(std::ptr_fun<int, int>(std::isspace))).base(), s.end());
  60   return s;
  61 }
  62 // trim from both ends
  63 static inline std::string &trim(std::string &s) {
  64   return ltrim(rtrim(s));
  65 }
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67
  68
  69 //--------------------------------------------------------------------
  70 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Load()
  71 {
  72   // open file
  73   std::ifstream is;
  74   openFileForReading(is, GetFilename());
  75   // load line by line string/string
  76   while (!is.fail()) {
  77     std::string tag;
  78     is >> tag;
  79     std::string value;
  80     std::getline(is,value,'\n');
  81     ltrim(value); // remove leading space
  82     m_MapOfTag[tag] = value;
  83   }
  84 }
  85 //--------------------------------------------------------------------
  86
  87
  88 //--------------------------------------------------------------------
  89 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
  90 {
  91   ::itk::OStringStream value;
  92   value << p[0] << " " << p[1] << " " << p[2];
  93   m_MapOfTag[tag] = value.str();
  94 }
  95 //--------------------------------------------------------------------
  96
  97
  98 //--------------------------------------------------------------------
  99 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
 100 {
 101   if (m_MapOfTag.find(tag) == m_MapOfTag.end()) {
 102     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type Point3D in the DB");
 103   }
 104   else {
 105     std::string s = m_MapOfTag[tag];
 106
 107     // construct a stream from the string
 108     std::stringstream strstr(s);
 109
 110     // use stream iterators to copy the stream to the vector as
 111     // whitespace separated strings
 112     std::istream_iterator<std::string> it(strstr);
 113     std::istream_iterator<std::string> end;
 114     std::vector<std::string> results(it, end);
 115
 116     // parse the string into 3 doubles
 117     for(int i=0; i<3; i++) {
 118       p[i] = atof(results[i].c_str());
 119     }
 120
 121     /*
 122     // boost
 123     #include <boost/foreach.hpp>
 124     #include <boost/tokenizer.hpp>
 125     // parse the string into 3 doubles
 126     boost::char_separator<char> sep(", ");
 127     boost::tokenizer<boost::char_separator<char> > tokens(s, sep);
 128     int i=0;
 129     BOOST_FOREACH(std::string t, tokens) {
 130     std::cout << t << "." << std::endl;
 131     p[i] = atof(t.c_str());
 132     i++;
 133     }
 134     */
 135   }
 136 }
 137 //--------------------------------------------------------------------
 138
 139
 140 //--------------------------------------------------------------------
 141 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetImageFilename(std::string tag, std::string f)
 142 {
 143   m_MapOfTag[tag] = f;
 144 }
 145 //--------------------------------------------------------------------
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