segmentation/clitkAnatomicalFeatureDatabase.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // clitk
  20 #include "clitkAnatomicalFeatureDatabase.h"
  21
  22 // std
  23 #include <iterator>
  24 #include <sstream>
  25 #include <cctype>
  26 #include <functional>
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 clitk::AnatomicalFeatureDatabase::AnatomicalFeatureDatabase()
  30 {
  31   SetFilename("default.afdb");
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Write()
  38 {
  39   // open file
  40   std::ofstream os;
  41   openFileForWriting(os, GetFilename());
  42   MapTagType::const_iterator iter = m_MapOfTag.begin();
  43   while (iter != m_MapOfTag.end()) {
  44     os << iter->first << " " << iter->second << std::endl;
  45     iter++;
  46   }
  47   os.close();
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 //http://stackoverflow.com/questions/216823/whats-the-best-way-to-trim-stdstring
  54 // trim from start
  55 static inline std::string &ltrim(std::string &s) {
  56   s.erase(s.begin(), std::find_if(s.begin(), s.end(), std::not1(std::ptr_fun<int, int>(std::isspace))));
  57   return s;
  58 }
  59 // trim from end
  60 static inline std::string &rtrim(std::string &s) {
  61   s.erase(std::find_if(s.rbegin(), s.rend(), std::not1(std::ptr_fun<int, int>(std::isspace))).base(), s.end());
  62   return s;
  63 }
  64 // trim from both ends
  65 static inline std::string &trim(std::string &s) {
  66   return ltrim(rtrim(s));
  67 }
  68 //--------------------------------------------------------------------
  69
  70
  71 //--------------------------------------------------------------------
  72 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Load()
  73 {
  74   m_MapOfTag.clear();
  75   // open file
  76   std::ifstream is;
  77   openFileForReading(is, GetFilename());
  78   // load line by line string/string
  79   while (!is.fail()) {
  80     std::string tag;
  81     is >> tag;
  82     if (tag != "") {
  83       std::string value;
  84       std::getline(is,value,'\n');
  85       ltrim(value); // remove leading space
  86       m_MapOfTag[tag] = value;
  87     }
  88   }
  89   is.close();
  90 }
  91 //--------------------------------------------------------------------
  92
  93
  94 //--------------------------------------------------------------------
  95 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
  96 {
  97 #if ITK_VERSION_MAJOR > 3
  98   std::ostringstream value;
  99 #else
 100   ::itk::OStringStream value;
 101 #endif
 102   value << p[0] << " " << p[1] << " " << p[2];
 103   m_MapOfTag[tag] = value.str();
 104 }
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106
 107
 108 //--------------------------------------------------------------------
 109 double clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetPoint3D(std::string tag, int dim)
 110 {
 111   PointType3D p;
 112   GetPoint3D(tag, p);
 113   return p[dim];
 114 }
 115 //--------------------------------------------------------------------
 116
 117
 118 //--------------------------------------------------------------------
 119 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
 120 {
 121   if (!TagExist(tag)) {
 122     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type Point3D in the DB");
 123     return;
 124   }
 125
 126   std::string s = m_MapOfTag[tag];
 127
 128   // construct a stream from the string
 129   std::stringstream strstr(s);
 130
 131   // use stream iterators to copy the stream to the vector as
 132   // whitespace separated strings
 133   std::istream_iterator<std::string> it(strstr);
 134   std::istream_iterator<std::string> end;
 135   std::vector<std::string> results(it, end);
 136
 137   // parse the string into 3 doubles
 138   for(int i=0; i<3; i++) {
 139
 140     if (!clitk::fromString<double>(p[i], results[i].c_str())) {
 141       clitkExceptionMacro("Error while reading Point3D, could not convert '"
 142                           << results[i].c_str() << "' into double.");
 143     }
 144   }
 145 }
 146 //--------------------------------------------------------------------
 147
 148
 149 //--------------------------------------------------------------------
 150 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetImageFilename(std::string tag, std::string f)
 151 {
 152   m_MapOfTag[tag] = f;
 153 }
 154 //--------------------------------------------------------------------
 155
 156
 157 //--------------------------------------------------------------------
 158 bool clitk::AnatomicalFeatureDatabase::TagExist(std::string tag)
 159 {
 160   return (m_MapOfTag.find(tag) != m_MapOfTag.end());
 161 }
 162 //--------------------------------------------------------------------
 163
 164 //--------------------------------------------------------------------
 165 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetDouble(std::string tag, double value)
 166 {
 167   m_MapOfTag[tag] = clitk::toString(value);
 168 }
 169 //--------------------------------------------------------------------
 170
 171 //--------------------------------------------------------------------
 172 double clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetDouble(std::string tag)
 173 {
 174   if (!TagExist(tag)) {
 175     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type Double in the DB");
 176     return -1;
 177   }
 178
 179   double a;
 180   if (!clitk::fromString<double>(a, m_MapOfTag[tag])) {
 181     clitkExceptionMacro("Error while reading Double (tag='" << tag << "'), could not convert '"
 182                         << m_MapOfTag[tag] << "' into double.");
 183   }
 184   return a;
 185 }
 186 //--------------------------------------------------------------------