segmentation/clitkAnatomicalFeatureDatabase.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // clitk
  20 #include "clitkAnatomicalFeatureDatabase.h"
  21
  22 // std
  23 #include <iterator>
  24 #include <sstream>
  25 #include <cctype>\r
  26 #include <functional>\r
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 clitk::AnatomicalFeatureDatabase::AnatomicalFeatureDatabase()
  30 {
  31   SetFilename("noname.afdb");
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Write()
  38 {
  39   // open file
  40   std::ofstream os;
  41   openFileForWriting(os, GetFilename());
  42   MapTagType::const_iterator iter = m_MapOfTag.begin();
  43   while (iter != m_MapOfTag.end()) {
  44     os << iter->first << " " << iter->second << std::endl;
  45     iter++;
  46   }
  47   os.close();
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 //http://stackoverflow.com/questions/216823/whats-the-best-way-to-trim-stdstring
  54 // trim from start
  55 static inline std::string &ltrim(std::string &s) {
  56   s.erase(s.begin(), std::find_if(s.begin(), s.end(), std::not1(std::ptr_fun<int, int>(std::isspace))));
  57   return s;
  58 }
  59 // trim from end
  60 static inline std::string &rtrim(std::string &s) {
  61   s.erase(std::find_if(s.rbegin(), s.rend(), std::not1(std::ptr_fun<int, int>(std::isspace))).base(), s.end());
  62   return s;
  63 }
  64 // trim from both ends
  65 static inline std::string &trim(std::string &s) {
  66   return ltrim(rtrim(s));
  67 }
  68 //--------------------------------------------------------------------
  69
  70
  71 //--------------------------------------------------------------------
  72 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Load()
  73 {
  74   // open file
  75   std::ifstream is;
  76   openFileForReading(is, GetFilename());
  77   // load line by line string/string
  78   while (!is.fail()) {
  79     std::string tag;
  80     is >> tag;
  81     std::string value;
  82     std::getline(is,value,'\n');
  83     ltrim(value); // remove leading space
  84     m_MapOfTag[tag] = value;
  85   }
  86 }
  87 //--------------------------------------------------------------------
  88
  89
  90 //--------------------------------------------------------------------
  91 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
  92 {
  93   ::itk::OStringStream value;
  94   value << p[0] << " " << p[1] << " " << p[2];
  95   m_MapOfTag[tag] = value.str();
  96 }
  97 //--------------------------------------------------------------------
  98
  99
 100 //--------------------------------------------------------------------
 101 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
 102 {
 103   if (m_MapOfTag.find(tag) == m_MapOfTag.end()) {
 104     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type Point3D in the DB");
 105   }
 106   else {
 107     std::string s = m_MapOfTag[tag];
 108
 109     // construct a stream from the string
 110     std::stringstream strstr(s);
 111
 112     // use stream iterators to copy the stream to the vector as
 113     // whitespace separated strings
 114     std::istream_iterator<std::string> it(strstr);
 115     std::istream_iterator<std::string> end;
 116     std::vector<std::string> results(it, end);
 117
 118     // parse the string into 3 doubles
 119     for(int i=0; i<3; i++) {
 120       p[i] = atof(results[i].c_str());
 121     }
 122
 123     /*
 124     // boost
 125     #include <boost/foreach.hpp>
 126     #include <boost/tokenizer.hpp>
 127     // parse the string into 3 doubles
 128     boost::char_separator<char> sep(", ");
 129     boost::tokenizer<boost::char_separator<char> > tokens(s, sep);
 130     int i=0;
 131     BOOST_FOREACH(std::string t, tokens) {
 132     std::cout << t << "." << std::endl;
 133     p[i] = atof(t.c_str());
 134     i++;
 135     }
 136     */
 137   }
 138 }
 139 //--------------------------------------------------------------------
 140
 141
 142 //--------------------------------------------------------------------
 143 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetImageFilename(std::string tag, std::string f)
 144 {
 145   m_MapOfTag[tag] = f;
 146 }
 147 //--------------------------------------------------------------------
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