segmentation/clitkAnatomicalFeatureDatabase.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // clitk
  20 #include "clitkAnatomicalFeatureDatabase.h"
  21
  22 // std
  23 #include <iterator>
  24 #include <sstream>
  25 #include <cctype>
  26 #include <functional>
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 clitk::AnatomicalFeatureDatabase::AnatomicalFeatureDatabase()
  30 {
  31   SetFilename("default.afdb");
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Write()
  38 {
  39   // open file
  40   std::ofstream os;
  41   openFileForWriting(os, GetFilename());
  42   MapTagType::const_iterator iter = m_MapOfTag.begin();
  43   while (iter != m_MapOfTag.end()) {
  44     os << iter->first << " " << iter->second << std::endl;
  45     iter++;
  46   }
  47   os.close();
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 //http://stackoverflow.com/questions/216823/whats-the-best-way-to-trim-stdstring
  54 // trim from start
  55 static inline std::string &ltrim(std::string &s) {
  56   s.erase(s.begin(), std::find_if(s.begin(), s.end(), std::not1(std::ptr_fun<int, int>(std::isspace))));
  57   return s;
  58 }
  59 // trim from end
  60 static inline std::string &rtrim(std::string &s) {
  61   s.erase(std::find_if(s.rbegin(), s.rend(), std::not1(std::ptr_fun<int, int>(std::isspace))).base(), s.end());
  62   return s;
  63 }
  64 // trim from both ends
  65 static inline std::string &trim(std::string &s) {
  66   return ltrim(rtrim(s));
  67 }
  68 //--------------------------------------------------------------------
  69
  70
  71 //--------------------------------------------------------------------
  72 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Load()
  73 {
  74   m_MapOfTag.clear();
  75   // open file
  76   std::ifstream is;
  77   openFileForReading(is, GetFilename());
  78   // load line by line string/string
  79   while (!is.fail()) {
  80     std::string tag;
  81     is >> tag;
  82     if (tag != "") {
  83       std::string value;
  84       std::getline(is,value,'\n');
  85       ltrim(value); // remove leading space
  86       m_MapOfTag[tag] = value;
  87     }
  88   }
  89   is.close();
  90 }
  91 //--------------------------------------------------------------------
  92
  93
  94 //--------------------------------------------------------------------
  95 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
  96 {
  97   ::itk::OStringStream value;
  98   value << p[0] << " " << p[1] << " " << p[2];
  99   m_MapOfTag[tag] = value.str();
 100 }
 101 //--------------------------------------------------------------------
 102
 103
 104 //--------------------------------------------------------------------
 105 double clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetPoint3D(std::string tag, int dim)
 106 {
 107   PointType3D p;
 108   GetPoint3D(tag, p);
 109   return p[dim];
 110 }
 111 //--------------------------------------------------------------------
 112
 113
 114 //--------------------------------------------------------------------
 115 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::GetPoint3D(std::string tag, PointType3D & p)
 116 {
 117   if (m_MapOfTag.find(tag) == m_MapOfTag.end()) {
 118     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type Point3D in the DB");
 119   }
 120   else {
 121     std::string s = m_MapOfTag[tag];
 122
 123     // construct a stream from the string
 124     std::stringstream strstr(s);
 125
 126     // use stream iterators to copy the stream to the vector as
 127     // whitespace separated strings
 128     std::istream_iterator<std::string> it(strstr);
 129     std::istream_iterator<std::string> end;
 130     std::vector<std::string> results(it, end);
 131
 132     // parse the string into 3 doubles
 133     for(int i=0; i<3; i++) {
 134
 135       if (!clitk::fromString<double>(p[i], results[i].c_str())) {
 136         clitkExceptionMacro("Error while reading Point3D, could not convert '"
 137                             << results[i].c_str() << "' into double.");
 138       }
 139
 140         //      p[i] = atof(results[i].c_str());
 141     }
 142
 143     /*
 144     // boost
 145     #include <boost/foreach.hpp>
 146     #include <boost/tokenizer.hpp>
 147     // parse the string into 3 doubles
 148     boost::char_separator<char> sep(", ");
 149     boost::tokenizer<boost::char_separator<char> > tokens(s, sep);
 150     int i=0;
 151     BOOST_FOREACH(std::string t, tokens) {
 152     std::cout << t << "." << std::endl;
 153     p[i] = atof(t.c_str());
 154     i++;
 155     }
 156     */
 157   }
 158 }
 159 //--------------------------------------------------------------------
 160
 161
 162 //--------------------------------------------------------------------
 163 void clitk::AnatomicalFeatureDatabase::SetImageFilename(std::string tag, std::string f)
 164 {
 165   m_MapOfTag[tag] = f;
 166 }
 167 //--------------------------------------------------------------------
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 170