segmentation/clitkAnatomicalFeatureDatabase.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKANATOMICALFEATUREDATABASE_H
  20 #define CLITKANATOMICALFEATUREDATABASE_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24 #include "clitkImageCommon.h"
  25
  26 namespace clitk {
  27
  28
  29   //--------------------------------------------------------------------
  30   /*
  31     Class to store and retreive anatomical feature such as 3D
  32     named landmarks points.
  33   */
  34   class AnatomicalFeatureDatabase: public itk::Object
  35   {
  36   public:
  37     // typedef
  38     typedef std::string TagType;
  39
  40     // New macro
  41     typedef itk::Object                    Superclass;
  42     typedef AnatomicalFeatureDatabase      Self;
  43     typedef itk::SmartPointer<Self>        Pointer;
  44     typedef itk::SmartPointer<const Self>  ConstPointer;
  45     itkNewMacro(Self);
  46     static Pointer New(std::string filename);
  47
  48     // Set/Get filename
  49     itkSetMacro(Filename, std::string);
  50     itkGetConstMacro(Filename, std::string);
  51
  52     // Read and write DB
  53     void Write();
  54     void Load();
  55     itkGetConstMacro(Path, std::string);
  56     itkSetMacro(Path, std::string);
  57
  58     // Set Get landmarks
  59     typedef itk::Point<double,3> PointType3D;
  60     void SetPoint3D(TagType tag, PointType3D & p);
  61     void GetPoint3D(TagType tag, PointType3D & p);
  62     double GetPoint3D(std::string tag, int dim);
  63     bool TagExist(std::string tag);
  64     std::string GetTagValue(std::string tag);
  65
  66     // Set Get image
  67     void SetImageFilename(TagType tag, std::string f);
  68     template<class ImageType>
  69     typename ImageType::Pointer GetImage(TagType tag, bool reload=false);
  70     template<class ImageType>
  71     void  SetImage(TagType tag, std::string f, typename ImageType::Pointer image, bool write=false);
  72     template<class ImageType>
  73     void ReleaseImage(TagType tag);
  74
  75     // Set Get Double
  76     void SetDouble(TagType tag, double d);
  77     double GetDouble(TagType tag);
  78
  79     // Remove Tag
  80     void RemoveTag(TagType tag);
  81
  82   protected:
  83     AnatomicalFeatureDatabase();
  84     ~AnatomicalFeatureDatabase() {}
  85
  86     std::string m_Filename;
  87     std::string m_Path;
  88     typedef itk::ImageBase<3> ImageBaseType;
  89     typedef std::map<TagType, std::string> MapTagType;
  90     typedef std::map<TagType, ImageBaseType*> MapTagImageType;
  91     MapTagType m_MapOfTag;
  92     MapTagImageType m_MapOfImage;
  93
  94   }; // end class
  95   //--------------------------------------------------------------------
  96
  97 #define NewAFDB(NAME, FILE)                                             \
  98   clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Pointer NAME = clitk::AnatomicalFeatureDatabase::New(FILE);
  99
 100   #include "clitkAnatomicalFeatureDatabase.txx"
 101
 102 } // end namespace clitk
 103 //--------------------------------------------------------------------
 104
 105 #endif // CLITKANATOMICALFEATUREDATABASE_H