segmentation/clitkAnatomicalFeatureDatabase.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKANATOMICALFEATUREDATABASE_H
  20 #define CLITKANATOMICALFEATUREDATABASE_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24 #include "clitkImageCommon.h"
  25
  26 namespace clitk {
  27
  28
  29   //--------------------------------------------------------------------
  30   /*
  31     Class to store and retreive anatomical feature such as 3D
  32     named landmarks points.
  33   */
  34   class AnatomicalFeatureDatabase: public itk::Object
  35   {
  36   public:
  37     AnatomicalFeatureDatabase();
  38
  39     typedef std::string TagType;
  40
  41     // Set/Get filename
  42     itkSetMacro(Filename, std::string);
  43     itkGetConstMacro(Filename, std::string);
  44
  45     // Read and write DB
  46     void Write();
  47     void Load();
  48
  49     // Set Get landmarks
  50     typedef itk::Point<double,3> PointType3D;
  51     void SetPoint3D(TagType tag, PointType3D & p);
  52     void GetPoint3D(TagType tag, PointType3D & p);
  53     double GetPoint3D(std::string tag, int dim);
  54
  55     // Set Get image
  56     void SetImageFilename(TagType tag, std::string f);
  57     template<class ImageType>
  58     typename ImageType::Pointer GetImage(TagType tag);
  59     template<class ImageType>
  60     void  SetImage(TagType tag,
  61                    std::string f,
  62                    typename ImageType::Pointer image,
  63                    bool write=false);
  64     template<class ImageType>
  65     void ReleaseImage(TagType tag);
  66
  67     // Set Get Double
  68     void SetDouble(TagType tag, double d);
  69     double GetDouble(TagType tag);
  70
  71   protected:
  72     std::string m_Filename;
  73     typedef itk::ImageBase<3> ImageBaseType;
  74     typedef std::map<TagType, std::string> MapTagType;
  75     typedef std::map<TagType, ImageBaseType*> MapTagImageType;
  76     MapTagType m_MapOfTag;
  77     MapTagImageType m_MapOfImage;
  78
  79   }; // end class
  80   //--------------------------------------------------------------------
  81
  82   #include "clitkAnatomicalFeatureDatabase.txx"
  83
  84 } // end namespace clitk
  85 //--------------------------------------------------------------------
  86
  87 #endif // CLITKANATOMICALFEATUREDATABASE_H