segmentation/clitkAnatomicalFeatureDatabase.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
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   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
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   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
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  20 //--------------------------------------------------------------------
  21 template<class ImageType>
  22 typename ImageType::Pointer AnatomicalFeatureDatabase::
  23 GetImage(std::string tag, bool reload)
  24 {
  25   if (m_MapOfTag.find(tag) == m_MapOfTag.end()) {
  26     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type 'Image' in the DB ('"
  27                         << GetFilename() << "')");
  28   }
  29   else {
  30     typename ImageType::Pointer image;
  31     if ((!reload) && (m_MapOfImage[tag])) {
  32       image = static_cast<ImageType *>(m_MapOfImage[tag]);
  33     }
  34     else {
  35       std::string s = m_MapOfTag[tag];
  36       // Read the file
  37       image = readImage<ImageType>(GetPath()+"/"+s);
  38       // I add a reference count because the cache is not a smartpointer
  39       image->SetReferenceCount(image->GetReferenceCount()+1);
  40       // Insert into the cache
  41       m_MapOfImage.erase(tag);
  42       m_MapOfImage[tag] = &(*image); // pointer
  43     }
  44     return image;
  45   }
  46 }
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48
  49
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51 template<class ImageType>
  52 bool AnatomicalFeatureDatabase::
  53 CheckImage(std::string tag)
  54 {
  55   if (m_MapOfTag.find(tag) == m_MapOfTag.end()) {
  56     return false;
  57   }
  58   else {
  59     typename ImageType::Pointer image;
  60     if (m_MapOfImage[tag]) {
  61       image = static_cast<ImageType *>(m_MapOfImage[tag]);
  62     }
  63     else {
  64       std::string s = m_MapOfTag[tag];
  65       // Read the file
  66       std::string n = GetPath()+"/"+s;
  67       //      image = readImage<ImageType>();
  68       typedef itk::ImageFileReader<ImageType> ReaderType;
  69       typename ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
  70       reader->SetFileName(n.c_str());
  71       try {
  72         reader->Update();
  73       } catch(itk::ExceptionObject & err) {
  74         return false;
  75       }
  76     }
  77   }
  78   return true;
  79 }
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81
  82
  83 //--------------------------------------------------------------------
  84 template<class ImageType>
  85 void AnatomicalFeatureDatabase::
  86 SetImage(TagType tag, std::string f, typename ImageType::Pointer image, bool write)
  87 {
  88   SetImageFilename(tag, f);
  89   m_MapOfImage[tag] = &(*image);
  90   // I add a reference count because the cache is not a smartpointer
  91   image->SetReferenceCount(image->GetReferenceCount()+1);
  92   if (write) {
  93     writeImage<ImageType>(image, f);
  94   }
  95 }
  96 //--------------------------------------------------------------------
  97
  98
  99 //--------------------------------------------------------------------
 100 template<class ImageType>
 101 void AnatomicalFeatureDatabase::
 102 ReleaseImage(std::string tag)
 103 {
 104   if (m_MapOfTag.find(tag) == m_MapOfTag.end()) {
 105     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type Image Filename in the DB");
 106   }
 107   else {
 108     typename ImageType::Pointer image = GetImage<ImageType>(tag);
 109     image->SetReferenceCount(image->GetReferenceCount()-1);
 110     m_MapOfImage.erase(tag);
 111   }
 112 }
 113 //--------------------------------------------------------------------