segmentation/clitkAnatomicalFeatureDatabase.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
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   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
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   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
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  20 //--------------------------------------------------------------------
  21 template<class ImageType>
  22 typename ImageType::Pointer AnatomicalFeatureDatabase::
  23 GetImage(std::string tag, bool reload)
  24 {
  25   if (m_MapOfTag.find(tag) == m_MapOfTag.end()) {
  26     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type 'Image' in the DB ('"
  27                         << GetFilename() << "')");
  28   }
  29   else {
  30     typename ImageType::Pointer image;
  31     if ((!reload) && (m_MapOfImage[tag])) {
  32       image = static_cast<ImageType *>(m_MapOfImage[tag]);
  33     }
  34     else {
  35       std::string s = m_MapOfTag[tag];
  36       // Read the file
  37       if (s[0] != '/')
  38         image = readImage<ImageType>(GetPath() + "/" + s);
  39       else
  40         image = readImage<ImageType>(s);
  41       // I add a reference count because the cache is not a smartpointer
  42       image->SetReferenceCount(image->GetReferenceCount()+1);
  43       // Insert into the cache
  44       m_MapOfImage.erase(tag);
  45       m_MapOfImage[tag] = &(*image); // pointer
  46     }
  47     return image;
  48   }
  49 }
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51
  52
  53 //--------------------------------------------------------------------
  54 template<class ImageType>
  55 bool AnatomicalFeatureDatabase::
  56 CheckImage(std::string tag)
  57 {
  58   if (m_MapOfTag.find(tag) == m_MapOfTag.end()) {
  59     return false;
  60   }
  61   else {
  62     typename ImageType::Pointer image;
  63     if (m_MapOfImage[tag]) {
  64       image = static_cast<ImageType *>(m_MapOfImage[tag]);
  65     }
  66     else {
  67       std::string s = m_MapOfTag[tag];
  68       // Read the file
  69       std::string n = GetPath()+"/"+s;
  70       //      image = readImage<ImageType>();
  71       typedef itk::ImageFileReader<ImageType> ReaderType;
  72       typename ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
  73       reader->SetFileName(n.c_str());
  74       try {
  75         reader->Update();
  76       } catch(itk::ExceptionObject & err) {
  77         return false;
  78       }
  79     }
  80   }
  81   return true;
  82 }
  83 //--------------------------------------------------------------------
  84
  85
  86 //--------------------------------------------------------------------
  87 template<class ImageType>
  88 void AnatomicalFeatureDatabase::
  89 SetImage(TagType tag, std::string f, typename ImageType::Pointer image, bool write)
  90 {
  91   SetImageFilename(tag, f);
  92   m_MapOfImage[tag] = &(*image);
  93   // I add a reference count because the cache is not a smartpointer
  94   image->SetReferenceCount(image->GetReferenceCount()+1);
  95   if (write) {
  96     writeImage<ImageType>(image, f);
  97   }
  98 }
  99 //--------------------------------------------------------------------
 100
 101
 102 //--------------------------------------------------------------------
 103 template<class ImageType>
 104 void AnatomicalFeatureDatabase::
 105 ReleaseImage(std::string tag)
 106 {
 107   if (m_MapOfTag.find(tag) == m_MapOfTag.end()) {
 108     clitkExceptionMacro("Could not find the tag <" << tag << "> of type Image Filename in the DB");
 109   }
 110   else {
 111     typename ImageType::Pointer image = GetImage<ImageType>(tag);
 112     image->SetReferenceCount(image->GetReferenceCount()-1);
 113     m_MapOfImage.erase(tag);
 114   }
 115 }
 116 //--------------------------------------------------------------------