segmentation/clitkConnectedComponentLabelingGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKCONNECTEDCOMPONENTLABELINGSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKCONNECTEDCOMPONENTLABELINGSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkImageCommon.h"
  24
  25 // itk
  26 #include "itkConnectedComponentImageFilter.h"
  27 #include "itkRelabelComponentImageFilter.h"
  28
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30 template<class ArgsInfoType>
  31 clitk::ConnectedComponentLabelingGenericFilter<ArgsInfoType>::ConnectedComponentLabelingGenericFilter():
  32   ImageToImageGenericFilter<Self>("ConnectedComponentLabeling")
  33 {
  34   //  InitializeImageType<2>();
  35   InitializeImageType<3>();
  36   //InitializeImageType<4>();
  37 }
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39
  40
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42 template<class ArgsInfoType>
  43 template<unsigned int Dim>
  44 void clitk::ConnectedComponentLabelingGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  45 {
  46   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  47   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  48   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  49   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  50 }
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52
  53
  54 //--------------------------------------------------------------------
  55 template<class ArgsInfoType>
  56 void clitk::ConnectedComponentLabelingGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  57 {
  58   mArgsInfo=a;
  59   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  60   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  61   if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  62   if (mArgsInfo.output_given)  SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  63 }
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65
  66
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  69 //--------------------------------------------------------------------
  70 template<class ArgsInfoType>
  71 template<class ImageType>
  72 void clitk::ConnectedComponentLabelingGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  73 {
  74   DD("UpdateWithInputImageType");
  75
  76   // Reading input
  77   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  78
  79   // Output image type
  80   typedef itk::Image<int, ImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  81
  82   // Create CCL filter
  83   DD("CCL");
  84   typedef itk::ConnectedComponentImageFilter<ImageType, OutputImageType> ConnectFilterType;
  85   typename ConnectFilterType::Pointer connectFilter = ConnectFilterType::New();
  86   connectFilter->SetInput(input);
  87   connectFilter->SetBackgroundValue(mArgsInfo.inputBG_arg);
  88   connectFilter->SetFullyConnected(mArgsInfo.full_flag);
  89
  90   // TODO SetBackgroud to zero forr relabel ?
  91
  92
  93   // Sort by size and remove too small area.
  94   typedef itk::RelabelComponentImageFilter<OutputImageType, OutputImageType> RelabelFilterType;
  95   typename RelabelFilterType::Pointer relabelFilter = RelabelFilterType::New();
  96   //  relabelFilter->InPlaceOn();
  97   relabelFilter->SetInput(connectFilter->GetOutput());
  98   relabelFilter->SetMinimumObjectSize(mArgsInfo.minSize_arg);
  99   relabelFilter->Update();
 100
 101   DD(mArgsInfo.inputBG_arg);
 102   DD(mArgsInfo.full_flag);
 103   DD(mArgsInfo.minSize_arg);
 104
 105   // Set information
 106   const std::vector<typename RelabelFilterType::ObjectSizeType> & a = relabelFilter->GetSizeOfObjectsInPixels();
 107   m_SizeOfObjectsInPixels.resize(a.size());
 108   for(unsigned int i=0; i<a.size(); i++) m_SizeOfObjectsInPixels[i] = a[i];
 109   m_SizeOfObjectsInPhysicalUnits = relabelFilter->GetSizeOfObjectsInPhysicalUnits();
 110   m_OriginalNumberOfObjects = relabelFilter->GetOriginalNumberOfObjects();
 111   DD(m_OriginalNumberOfObjects);
 112   DD(m_SizeOfObjectsInPhysicalUnits.size());
 113
 114   // Write/Save results
 115   typename OutputImageType::Pointer output = relabelFilter->GetOutput();
 116   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 117 }
 118 //--------------------------------------------------------------------
 119
 120 #endif //#define CLITKCONNECTEDCOMPONENTLABELINGSGENERICFILTER_TXX