segmentation/clitkExtractBones.ggo

   1 #File clitkExtractBones.ggo
   2 package "clitkExtractBones"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Extract bony anatomy through thresholding and connected component labelling. Resample mask afterwards (interp= NN) to match another one (like)"
   5
   6 option "config"         -  "Config file"                  string        no
   7 option "imagetypes"     -  "Display allowed image types"  flag          off
   8 option "verbose"        v  "Verbose"                      flag          off
   9 option "verboseStep"    -  "Verbose each step"            flag          off
  10 option "writeStep"      w  "Write image at each step"     flag          off
  11 option "verboseOption"  -  "Display options values"       flag          off
  12 option "verboseWarningOff" -  "Do not display warning"    flag          off
  13
  14 section "I/O"
  15
  16 option "input"          i       "Input image filename"            string        yes
  17 option "output"         o       "Output image filename"           string        yes
  18 #option "like"          l       "Resample like this image"        string        no
  19
  20 section "Smoothing (curvature anistropic diffusion)"
  21
  22 option "smooth"                 -       "smooth input image"                    flag            off
  23 option "spacing"                -       "Use image spacing"                     flag            off
  24 option "cond"                   -       "Conductance parameter"                         double no       default="3.0"
  25 option "time"                   -       "Time step (0.125 for 2D and 0.0625 for 3D)"    double no       default="0.0625"
  26 option "iter"                   -       "Iterations"                            double no       default="5"
  27
  28
  29 section "Initial connected component labelling (CCL)"
  30
  31 option "lower1"                 -       "Lower threshold for CCL"                       double  no default="100"
  32 option "upper1"                 -       "Upper threshold for CCL"                       double  no default="1500"
  33 option "minSize"                -       "Minimal Component Size for CCL"                int     no default="100"
  34 option "full"                   -       "Use full connectivity (one side is enough)"    flag    off
  35
  36 section "Neighborhood Connected Region Growing (RG)"
  37
  38 option "lower2"         -       "Lower threshold for RG"                double  no      default="10"
  39 option "upper2"         -       "Upper threshold for RG"                double  no      default="1500"
  40 option "radius2"        -       "Neighborhood radius"                   int     no      multiple        default="1"
  41 option "sampleRate2"    -       "Sample rate of label image for RG: number of voxels to skip between seeds"     int     no      default="0"
  42
  43 option "autoCrop"       -       "Crop final mask to BoundingBox"        flag    off