segmentation/clitkExtractBones.ggo

   1 #File clitkExtractBones.ggo
   2 package "clitkExtractBones"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Extract bony anatomy through thresholding and connected component labelling. Resample mask afterwards (interp= NN) to match another one (like)"
   5
   6 option "config"         -  "Config file"                  string        no
   7 option "imagetypes"     -  "Display allowed image types"  flag          off
   8 option "verbose"        v  "Verbose"                      flag          off
   9 option "verboseStep"    -  "Verbose each step"            flag          off
  10 option "writeStep"      w  "Write image at each step"     flag          off
  11 option "verboseOption"  -  "Display options values"       flag          off
  12 option "verboseWarningOff" -  "Do not display warning"    flag          off
  13 option "verboseMemory"  -  "Display memory usage"         flag          off
  14
  15 section "I/O"
  16
  17 option "input"          i       "Input image filename"            string        yes
  18 option "output"         o       "Output image filename"           string        yes
  19 option "afdb"           a       "Output Anatomical Feature DB (Carina position)"  string  no
  20
  21 section "Smoothing (curvature anistropic diffusion)"
  22
  23 option "smooth"                 -       "smooth input image"                    flag            off
  24 option "spacing"                -       "Use image spacing"                     flag            off
  25 option "cond"                   -       "Conductance parameter"                         double no       default="3.0"
  26 option "time"                   -       "Time step (0.125 for 2D and 0.0625 for 3D)"    double no       default="0.0625"
  27 option "iter"                   -       "Iterations"                            double no       default="5"
  28
  29
  30 section "Initial connected component labelling (CCL)"
  31
  32 option "lower1"                 -       "Lower threshold for CCL"                       double  no default="100"
  33 option "upper1"                 -       "Upper threshold for CCL"                       double  no default="1500"
  34 option "minSize"                -       "Minimal Component Size for CCL"                int     no default="100"
  35 option "full"                   -       "Use full connectivity (one side is enough)"    flag    off
  36
  37 section "Neighborhood Connected Region Growing (RG)"
  38
  39 option "lower2"         -       "Lower threshold for RG"                double  no      default="10"
  40 option "upper2"         -       "Upper threshold for RG"                double  no      default="1500"
  41 option "radius2"        -       "Neighborhood radius"                   int     no      multiple        default="1"
  42 option "sampleRate2"    -       "Sample rate of label image for RG: number of voxels to skip between seeds"     int     no      default="0"
  43
  44 section "Fill holes"
  45 option "doNotFillHoles"         -  "Do not fill holes if set"                 flag on
  46 option "dir"                    d  "Directions (axes) to perform filling (defaults to 2,1,0)"   int multiple no
  47
  48 option "noAutoCrop"     -       "If set : do no crop final mask to BoundingBox"                         flag    off