segmentation/clitkExtractBonesGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTBONESSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTBONESSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractBonesGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractBonesGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractBones")
  28 {
  29   // Default values
  30   cmdline_parser_clitkExtractBones_init(&mArgsInfo);
  31   InitializeImageType<3>();
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::ExtractBonesGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  40 {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  42   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  43   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  44 }
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46
  47
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49 template<class ArgsInfoType>
  50 void clitk::ExtractBonesGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  51 {
  52   mArgsInfo=a;
  53   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  54   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  55   if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  56   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  57 }
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59
  60
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64 template<class ArgsInfoType>
  65 template<class ImageType>
  66 void clitk::ExtractBonesGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  67 {
  68   // Mask & output image type
  69   typedef itk::Image<uchar, ImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  70
  71   // Reading input
  72   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  73
  74   // Create filter
  75   typedef clitk::ExtractBonesFilter<ImageType, OutputImageType> FilterType;
  76   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  77
  78   // Set global Options
  79   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
  80   filter->SetInput(input);
  81
  82   // Go !
  83   filter->Update();
  84
  85   // Check if error
  86   if (filter->HasError()) {
  87     SetLastError(filter->GetLastError());
  88     // No output
  89     return;
  90   }
  91
  92   // Write/Save results
  93   typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
  94   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
  95 }
  96 //--------------------------------------------------------------------
  97
  98 #endif //#define CLITKEXTRACTBONESSGENERICFILTER_TXX