]> Creatis software - clitk.git/blob - segmentation/clitkExtractLung.ggo
a hopefully better option parser for vv
[clitk.git] / segmentation / clitkExtractLung.ggo
1 #File clitkExtractLungs.ggo
2 package "clitkExtractLungs"
3 version "1.0"
4 purpose "Segment lungs in CT image. Need 'patient' mask."
5
6 option "config"         -  "Config file"                  string        no
7 option "imagetypes"     -  "Display allowed image types"  flag          off
8 option "verbose"        v  "Verbose"                      flag          off
9 option "verboseStep"    -  "Verbose each step"            flag          off
10 option "writeStep"      w  "Write image at each step"     flag          off
11 option "verboseOption"  -  "Display options values"       flag          off
12 option "verboseWarningOff" -  "Do not display warning"    flag          off
13
14 section "I/O"
15
16 option "input"         i        "Input CT image filename"         string        yes
17 option "patient"       p        "Input patient mask filename"     string        yes
18 option "patientBG"   -  "Patient Background"              int           default="0" no
19 option "output"        o        "Output lungs mask filename"      string        yes
20 option "outputTrachea" t        "Output trachea mask filename"    string        no
21
22 section "Step 1 : Air remove"
23
24 option "lower"       -  "Initial lower threshold"                 double        no      
25 option "upper"       -  "Initial upper threshold"                 double        no      default="-300"
26 option "minSize"     -  "Minimum component size in voxels"        int           no      default="100"
27 option "remove1"     -  "Labels not to keep in air mask (lungs)"  int           no      multiple        default="2"
28 option "firstKeep1"  -  "First label to keep"                     int           no      default="1"
29 option "lastKeep1"   -  "Last label to keep"                      int           no      
30
31 section "Step 2 : find trachea"
32
33 option "skipslices"                  -  "Number of slices to skip before searching seed" int no default="0"
34 option "upperThresholdForTrachea"    -  "Initial upper threshold for trachea"  double   no  default="-900"
35 option "multiplierForTrachea"        -  "Multiplier for the region growing"    double   no  default="5"
36 option "thresholdStepSizeForTrachea" -  "Threshold step size"                  int      no  default="64"
37 option "seed"                        -  "Index of the trachea seed point"      int      no  multiple
38
39 section "Step 3 : auto extract lung"
40
41 option "bins"        -  "Number of bins to use for the Otsu thresholding"       int             no      default="500"   
42 option "remove2"     -  "Labels not to keep in air mask (gas)"    int           no      multiple
43 option "firstKeep2"  -  "First label to keep"                     int           no      default="1"
44 option "lastKeep2"   -  "Last label to keep"                      int           no      
45
46 section "Step 4 : remove trachea"
47
48 option "radius"      -  "Radius for dilation"                     int           no      default="1"
49 option "remove3"     -  "Labels not to keep in lungs mask (trachea)"    int             no      multiple
50 option "firstKeep3"  -  "First label to keep"                     int           no      default="1"
51 option "lastKeep3"   -  "Last label to keep"                      int           no      default="2"
52