segmentation/clitkExtractLung.ggo

   1 #File clitkExtractLungs.ggo
   2 package "clitkExtractLungs"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Segment lungs in CT image. Need 'patient' mask."
   5
   6 option "config"         -  "Config file"                  string        no
   7 option "imagetypes"     -  "Display allowed image types"  flag          off
   8
   9 option "verbose"        v  "Verbose"                      flag          off
  10 option "verboseStep"    -  "Verbose each step"            flag          off
  11 option "writeStep"      w  "Write image at each step"     flag          off
  12 option "verboseOption"  -  "Display options values"       flag          off
  13 option "verboseWarningOff" -  "Do not display warning"    flag          off
  14 option "verboseMemory"  -  "Display memory usage"         flag          off
  15
  16 section "I/O"
  17
  18 option "input"         i        "Input CT image filename"         string        yes
  19 option "afdb"          a        "Output Anatomical Feature DB (Carina position)"  string  no default="default.afdb"
  20 option "output"        o        "Output lungs mask filename"      string        no default="lung.mhd"
  21 option "outputTrachea" t        "Output trachea mask filename"    string        no default="trachea.mhd"
  22
  23 section "Step 1 : Air remove"
  24
  25 option "lower"       -  "Initial lower threshold"                 int   no
  26 option "upper"       -  "Initial upper threshold"                 int   no      default="-300"
  27 option "minSize"     -  "Minimum component size in voxels"        int           no      default="100"
  28 #option "remove1"     - "Labels not to keep in air mask (lungs)"  int           no      multiple        default="2"
  29 #option "firstKeep1"  - "First label to keep"                     int           no      default="1"
  30 #option "lastKeep1"   - "Last label to keep"                      int           no
  31
  32 section "Step 2 : find trachea"
  33
  34 option "type"                        -  "trachea finding algorithm (0: original; 1: LOLA11)" int no default="0"
  35 option "skipslices"                  -  "0: Number of slices to skip before searching seed" int no default="0"
  36 option "upperThresholdForTrachea"    -  "0: Initial upper threshold for trachea"  double        no  default="-900"
  37 option "multiplierForTrachea"        -  "0: Multiplier for the region growing"    double        no  default="5"
  38 option "thresholdStepSizeForTrachea" -  "0: Threshold step size"                       int      no  default="64"
  39 option "seed"                        -  "0,1: Index of the trachea seed point (in pixel, not in mm)"      int   no  multiple
  40 option "doNotCheckTracheaVolume"     -  "0,1: If set, do not check the trachea volume" flag off
  41 option "verboseRG"                   -  "0,1: Verbose RegionGrowing"   flag off
  42 option "maxElongation"               -  "1: Maximum allowed elongation of candidate regions for the trachea" float no default="0.5"
  43 option "numSlices"                   -  "1: Number of slices to search for trachea" int no default="50"
  44 option "seedPreProcessingThreshold"   -  "1: Threshold for the pre-processing step of the algorithm" int no default="-400"
  45
  46 section "Step 3 : auto extract lung"
  47
  48 option "bins"        -  "Number of bins to use for the Otsu thresholding"       int             no      default="500"
  49 # option "remove2"     -        "Labels not to keep in air mask (gas)"    int           no      multiple
  50 # option "firstKeep2"  -        "First label to keep"                     int           no      default="1"
  51 # option "lastKeep2"   -        "Last label to keep"                      int           no
  52
  53 section "Step 4 : remove trachea"
  54
  55 option "radius"      -  "Radius for dilation"                     int           no      default="1"
  56 # option "remove3"     -        "Labels not to keep in lungs mask (trachea)"    int             no      multiple
  57 # option "firstKeep3"  -        "First label to keep"                     int           no      default="1"
  58 # option "lastKeep3"   -        "Last label to keep"                      int           no      default="2"
  59
  60 section "Step 5 : [optional] openclose"
  61 option "openclose"              -  "Perform an OpenClose operation"             flag off
  62 option "opencloseRadius"        -  "OpenClose radius"                           int no default="1"
  63
  64 section "Step 6 : fill holes"
  65 option "doNotFillHoles"         -  "Do not fill holes if set"                 flag on
  66 option "dir"                    d  "Directions (axes) to perform filling (defaults to 2,1,0)"   int multiple no
  67
  68 section "Step 7 : lung separation (labelling)"
  69 option "doNotSeparateLungs"   -  "Do not separate lungs if set"                 flag off
  70 option "removeSmallLabel"     -  "Remove small label (stomach?) before separation"  flag on
  71 option "noAutoCrop"     -       "If set : do no crop final mask to BoundingBox"                         flag    off