segmentation/clitkExtractLungGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLUNGSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTLUNGSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractLungGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractLung")
  28 {
  29   this->SetFilterBase(NULL);
  30   // Default values
  31   cmdline_parser_clitkExtractLung_init(&mArgsInfo);
  32   InitializeImageType<3>();
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 template<class ArgsInfoType>
  39 template<unsigned int Dim>
  40 void clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  41 {
  42   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  43   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  44   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 template<class ArgsInfoType>
  51 void clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  52 {
  53   mArgsInfo=a;
  54   this->SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  55   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  56   if (mArgsInfo.input_given)   this->AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  57   if (mArgsInfo.output_given)  this->AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  58   if (mArgsInfo.outputTrachea_given)  this->AddOutputFilename(mArgsInfo.outputTrachea_arg);
  59 }
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61
  62
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64 template<class ArgsInfoType>
  65 template<class FilterType>
  66 void clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::
  67 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  68 {
  69   //f->SetVerboseFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  70   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verboseOption_flag);
  71   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  72   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  73   f->SetVerboseWarningFlag(!mArgsInfo.verboseWarningOff_flag);
  74   f->SetVerboseMemoryFlag(mArgsInfo.verboseMemory_flag);
  75
  76   if (mArgsInfo.afdb_given)
  77     f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  78   f->SetOutputLungFilename(mArgsInfo.output_arg);
  79   f->SetOutputTracheaFilename(mArgsInfo.outputTrachea_arg);
  80
  81   f->SetUpperThreshold(mArgsInfo.upper_arg);
  82   f->SetLowerThreshold(mArgsInfo.lower_arg);
  83
  84   f->SetNumberOfSlicesToSkipBeforeSearchingSeed(mArgsInfo.skipslices_arg);
  85
  86   f->SetTracheaVolumeMustBeCheckedFlag(!mArgsInfo.doNotCheckTracheaVolume_flag);
  87   f->SetVerboseRegionGrowingFlag(mArgsInfo.verboseRG_flag);
  88
  89   f->SetUpperThresholdForTrachea(mArgsInfo.upperThresholdForTrachea_arg);
  90   f->SetMultiplierForTrachea(mArgsInfo.multiplierForTrachea_arg);
  91   f->SetThresholdStepSizeForTrachea(mArgsInfo.thresholdStepSizeForTrachea_arg);
  92   f->SetTracheaSeedAlgorithm(mArgsInfo.type_arg);
  93   f->SetNumSlices(mArgsInfo.numSlices_arg);
  94   f->SetMaxElongation(mArgsInfo.maxElongation_arg);
  95   f->SetSeedPreProcessingThreshold(mArgsInfo.seedPreProcessingThreshold_arg);
  96
  97   typename FilterType::InputImagePointType s;
  98   if (mArgsInfo.seed_given) {
  99     ConvertOptionMacro(mArgsInfo.seed, s, 3, false);
 100     f->AddSeed(s);
 101   }
 102
 103   f->SetMinimalComponentSize(mArgsInfo.minSize_arg);
 104   f->SetNumberOfHistogramBins(mArgsInfo.bins_arg);
 105   f->SetRadiusForTrachea(mArgsInfo.radius_arg);
 106
 107   f->SetOpenCloseFlag(mArgsInfo.openclose_flag);
 108   f->SetOpenCloseRadius(mArgsInfo.opencloseRadius_arg);
 109   f->SetAutoCrop(!mArgsInfo.noAutoCrop_flag);
 110
 111   if (mArgsInfo.doNotFillHoles_given)
 112     f->SetFillHolesFlag(false);
 113   else
 114     f->SetFillHolesFlag(true);
 115
 116   f->SetRemoveSmallLabelBeforeSeparationFlag(mArgsInfo.removeSmallLabel_flag);
 117
 118   if (mArgsInfo.doNotSeparateLungs_given)
 119     f->SetSeparateLungsFlag(false);
 120   else
 121     f->SetSeparateLungsFlag(true);
 122 }
 123 //--------------------------------------------------------------------
 124
 125
 126 //--------------------------------------------------------------------
 127 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 128 //--------------------------------------------------------------------
 129 template<class ArgsInfoType>
 130 template<class ImageType>
 131 void clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
 132 {
 133   // Mask & output image type
 134   typedef itk::Image<uchar, ImageType::ImageDimension> MaskImageType;
 135
 136   // Reading input
 137   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 138
 139   // Create filter
 140   typedef clitk::ExtractLungFilter<ImageType> FilterType;
 141   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 142
 143   // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
 144   this->SetFilterBase(filter);
 145
 146   // Set global Options
 147   filter->SetInput(input);
 148   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 149
 150   // Go !
 151   filter->Update();
 152
 153   // Write/Save results
 154   typename MaskImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 155   this->template SetNextOutput<MaskImageType>(output);
 156   this->template SetNextOutput<typename FilterType::MaskImageType>(filter->GetTracheaImage());
 157 }
 158 //--------------------------------------------------------------------
 159
 160 #endif //#define CLITKEXTRACTLUNGSGENERICFILTER_TXX