segmentation/clitkExtractLungGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLUNGSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTLUNGSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractLungGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractLung")
  28 {
  29   this->SetFilterBase(NULL);
  30   // Default values
  31   cmdline_parser_clitkExtractLung_init(&mArgsInfo);
  32   InitializeImageType<3>();
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 template<class ArgsInfoType>
  39 template<unsigned int Dim>
  40 void clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  41 {
  42   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  43   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  44   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 template<class ArgsInfoType>
  51 void clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  52 {
  53   mArgsInfo=a;
  54   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  55   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  56   if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  57   if (mArgsInfo.patient_given) AddInputFilename(mArgsInfo.patient_arg);
  58   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  59   if (mArgsInfo.outputTrachea_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.outputTrachea_arg);
  60 }
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67 template<class ArgsInfoType>
  68 template<class ImageType>
  69 void clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  70 {
  71   // Mask & output image type
  72   typedef itk::Image<uchar, ImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  73   typedef itk::Image<uchar, ImageType::ImageDimension> MaskImageType;
  74
  75   // Reading input
  76   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  77   typename MaskImageType::Pointer patient = this->template GetInput<MaskImageType>(1);
  78
  79   // Create filter
  80   typedef clitk::ExtractLungFilter<ImageType, MaskImageType> FilterType;
  81   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  82
  83   // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
  84   this->SetFilterBase(filter);
  85
  86   // Set global Options
  87   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
  88   filter->SetInput(input);
  89   filter->SetInputPatientMask(patient, mArgsInfo.patientBG_arg);
  90
  91   // Go !
  92   filter->Update();
  93
  94   // Write/Save results
  95   typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
  96   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
  97   this->template SetNextOutput<typename FilterType::MaskImageType>(filter->GetTracheaImage());
  98 }
  99 //--------------------------------------------------------------------
 100
 101 #endif //#define CLITKEXTRACTLUNGSGENERICFILTER_TXX