segmentation/clitkExtractLungGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLUNGSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTLUNGSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractLungGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractLung")
  28 {
  29   // Default values
  30   cmdline_parser_clitkExtractLung_init(&mArgsInfo);
  31   InitializeImageType<3>();
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  40 {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  42   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  43   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  44 }
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46
  47
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49 template<class ArgsInfoType>
  50 void clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  51 {
  52   mArgsInfo=a;
  53   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  54   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  55   if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  56   if (mArgsInfo.patient_given) AddInputFilename(mArgsInfo.patient_arg);
  57   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  58   if (mArgsInfo.outputTrachea_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.outputTrachea_arg);
  59 }
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61
  62
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 template<class ArgsInfoType>
  67 template<class ImageType>
  68 void clitk::ExtractLungGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  69 {
  70   // Mask & output image type
  71   typedef itk::Image<uchar, ImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  72   typedef itk::Image<uchar, ImageType::ImageDimension> MaskImageType;
  73
  74   // Reading input
  75   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  76   typename MaskImageType::Pointer patient = this->template GetInput<MaskImageType>(1);
  77
  78   // Create filter
  79   typedef clitk::ExtractLungFilter<ImageType, MaskImageType> FilterType;
  80   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  81
  82   // Set global Options
  83   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
  84   filter->SetInput(input);
  85   filter->SetInputPatientMask(patient, mArgsInfo.patientBG_arg);
  86
  87   // Go !
  88   filter->Update();
  89
  90   // Check if error
  91   if (filter->HasError()) {
  92     SetLastError(filter->GetLastError());
  93     // No output
  94     return;
  95   }
  96
  97   // Write/Save results
  98   typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
  99   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 100   this->template SetNextOutput<typename FilterType::MaskImageType>(filter->GetTracheaImage());
 101 }
 102 //--------------------------------------------------------------------
 103
 104 #endif //#define CLITKEXTRACTLUNGSGENERICFILTER_TXX