segmentation/clitkExtractLymphStation_3P.txx

   1
   2 //--------------------------------------------------------------------
   3 template <class ImageType>
   4 void
   5 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
   6 ExtractStation_3P_SetDefaultValues()
   7 {
   8 }
   9 //--------------------------------------------------------------------
  10
  11
  12 //--------------------------------------------------------------------
  13 template <class TImageType>
  14 void
  15 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
  16 ExtractStation_3P()
  17 {
  18   if (!CheckForStation("3P")) return;
  19
  20   StartNewStep("Station 3P");
  21   StartSubStep();
  22
  23   // Get the current support
  24   StartNewStep("[Station 3P] Get the current 3P suppport");
  25   m_Working_Support = m_ListOfSupports["S3P"];
  26   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
  27   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
  28
  29   // LR limits inferiorly
  30   ExtractStation_3P_LR_inf_Limits();
  31
  32   // LR limits superiorly => not here for the moment because not
  33   //  clear in the def
  34   // ExtractStation_3P_LR_sup_Limits_2(); //TODO
  35   // ExtractStation_3P_LR_sup_Limits();   // old version to change
  36
  37   ExtractStation_8_Single_CCL_Limits(); // YES 8 !
  38   ExtractStation_3P_Remove_Structures(); // after CCL
  39
  40   // Store image filenames into AFDB
  41   writeImage<MaskImageType>(m_ListOfStations["3P"], "seg/Station3P.mhd");
  42   GetAFDB()->SetImageFilename("Station3P", "seg/Station3P.mhd");
  43   WriteAFDB();
  44   StopSubStep();
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 template <class ImageType>
  51 void
  52 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
  53 ExtractStation_3P_Remove_Structures()
  54 {
  55   StartNewStep("[Station 3P] Remove some structures.");
  56
  57   Remove_Structures("3P", "Aorta");
  58   Remove_Structures("3P", "VertebralBody");
  59   Remove_Structures("3P", "SubclavianArteryLeft");
  60   Remove_Structures("3P", "SubclavianArteryRight");
  61   Remove_Structures("3P", "Esophagus");
  62   Remove_Structures("3P", "AzygousVein");
  63   Remove_Structures("3P", "Thyroid");
  64   Remove_Structures("3P", "VertebralArtery");
  65
  66   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
  67   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
  68 }
  69 //--------------------------------------------------------------------
  70
  71
  72 //--------------------------------------------------------------------
  73 template <class ImageType>
  74 void
  75 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
  76 ExtractStation_3P_LR_sup_Limits()
  77 {
  78   /*
  79     "On the right side, the limit is deﬁned by the air–soft-tissue
  80     interface. On the left side, it is deﬁned by the air–tissue
  81     interface superiorly (Fig. 2A–C) and the aorta inferiorly
  82     (Figs. 2D–I and 3A–C)."
  83
  84     sup :
  85     Resizelike support : Trachea, SubclavianArtery
  86     Trachea, slice by slice, get centroid trachea
  87     SubclavianArtery, slice by slice, CCL
  88     prendre la 1ère à L et R, not at Left
  89
  90   */
  91   StartNewStep("[Station 3P] Left/Right limits (superior part) ");
  92
  93   // Load structures
  94   MaskImagePointer Trachea = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("Trachea");
  95   MaskImagePointer SubclavianArtery = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("SubclavianArtery");
  96
  97   // Crop like current support
  98   Trachea = clitk::ResizeImageLike<MaskImageType>(Trachea, m_Working_Support, GetBackgroundValue());
  99   SubclavianArtery = clitk::ResizeImageLike<MaskImageType>(SubclavianArtery, m_Working_Support, GetBackgroundValue());
 100
 101   writeImage<MaskImageType>(Trachea, "tr.mhd");
 102   writeImage<MaskImageType>(SubclavianArtery, "sca.mhd");
 103
 104   // Get list of slices
 105   std::vector<MaskSlicePointer> slices_support;
 106   std::vector<MaskSlicePointer> slices_trachea;
 107   std::vector<MaskSlicePointer> slices_subclavianartery;
 108   clitk::ExtractSlices<MaskImageType>(m_Working_Support, 2, slices_support);
 109   clitk::ExtractSlices<MaskImageType>(Trachea, 2, slices_trachea);
 110   clitk::ExtractSlices<MaskImageType>(SubclavianArtery, 2, slices_subclavianartery);
 111
 112   // Loop on slices
 113   std::vector<MaskImagePointType> points;
 114   MaskImagePointType p;
 115   for(uint i=0; i<slices_support.size(); i++) {
 116     // Get Trachea centroid
 117     std::vector<typename MaskSliceType::PointType> centroids;
 118     typename MaskSliceType::PointType c;
 119     ComputeCentroids<MaskSliceType>(slices_trachea[i], GetBackgroundValue(), centroids);
 120     c = centroids[1];
 121
 122     // [debug] Store point
 123     clitk::PointsUtils<MaskImageType>::Convert2DTo3D(centroids[1], Trachea, i, p);
 124     points.push_back(p);
 125
 126     // Get Right and Left CCL in SubclavianArtery
 127     slices_subclavianartery[i] = Labelize<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], 0, true, 10);
 128     ComputeCentroids<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], GetBackgroundValue(), centroids);
 129
 130     if (centroids.size() > 1) {
 131       // Determine the one at Right/Left -> first after Trachea
 132       // centroid
 133       typename MaskSliceType::PointType right;
 134       typename MaskSliceType::PointType left;
 135       int label_right=-1;
 136       int label_left=-1;
 137       right[0] = c[0]-100;
 138       left[0] = c[0]+100;
 139       for(uint j=1; j<centroids.size(); j++) {
 140         if (centroids[j][0] < c[0]) { // At Right of Trachea centroid
 141           if (centroids[j][0] >= right[0]) {
 142             right = centroids[j];
 143             label_right = j;
 144           }
 145         }
 146         if (centroids[j][0] > c[0]) { // At Left of Trachea centroid
 147           if (centroids[j][0] <= left[0]) {
 148             left = centroids[j];
 149             label_left = j;
 150           }
 151         }
 152       }
 153
 154       if (label_right != -1) {
 155
 156         // Debug points
 157         clitk::PointsUtils<MaskImageType>::Convert2DTo3D(centroids[label_right], SubclavianArtery, i, p);
 158         points.push_back(p);
 159
 160         // Set Background and ForegroundValue according to label_right
 161         MaskSlicePointer object =
 162           clitk::Binarize<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], label_right, label_right,
 163                                          GetBackgroundValue(), GetForegroundValue());
 164
 165         // Relative Position : not at Right
 166         typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<MaskSliceType> RelPosFilterType;
 167         typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 168         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 169         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 170         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 171         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 172         relPosFilter->SetInputObject(object);
 173         relPosFilter->AddOrientationTypeString("R");
 174         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 175         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 176         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 177         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 178         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 179         relPosFilter->Update();
 180         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 181
 182         // Relative Position : not Anterior
 183         relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 184         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 185         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 186         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 187         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 188         relPosFilter->SetInputObject(object);
 189         relPosFilter->AddOrientationTypeString("A");
 190         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 191         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 192         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 193         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 194         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 195         relPosFilter->Update();
 196         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 197
 198       } // End RelativePosition for Right
 199
 200
 201       if (label_left != -1) {
 202
 203         // Debug points
 204         clitk::PointsUtils<MaskImageType>::Convert2DTo3D(centroids[label_left], SubclavianArtery, i, p);
 205         points.push_back(p);
 206
 207         // Set Background and ForegroundValue according to label_right
 208         MaskSlicePointer object =
 209           clitk::Binarize<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], label_left, label_left,
 210                                          GetBackgroundValue(), GetForegroundValue());
 211
 212         // Relative Position : not at Right
 213         typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<MaskSliceType> RelPosFilterType;
 214         typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 215         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 216         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 217         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 218         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 219         relPosFilter->SetInputObject(object);
 220         relPosFilter->AddOrientationTypeString("L");
 221         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 222         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 223         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 224         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 225         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 226         relPosFilter->Update();
 227         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 228
 229         // Relative Position : not Anterior
 230         relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 231         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 232         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 233         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 234         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 235         relPosFilter->SetInputObject(object);
 236         relPosFilter->AddOrientationTypeString("A");
 237         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 238         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 239         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 240         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 241         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 242         relPosFilter->Update();
 243         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 244
 245       }
 246
 247
 248     } // if centroids.size > 1
 249   } // End loop slices
 250
 251   // Joint slices
 252   m_Working_Support = clitk::JoinSlices<MaskImageType>(slices_support, m_Working_Support, 2);
 253
 254   // Save list points
 255   clitk::WriteListOfLandmarks<MaskImageType>(points, "subcl-lr.txt");
 256
 257
 258   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
 259   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
 260 }
 261 //--------------------------------------------------------------------
 262
 263 //--------------------------------------------------------------------
 264 template <class ImageType>
 265 void
 266 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
 267 ExtractStation_3P_LR_sup_Limits_2()
 268 {
 269   /*
 270     "On the right side, the limit is deﬁned by the air–soft-tissue
 271     interface. On the left side, it is deﬁned by the air–tissue
 272     interface superiorly (Fig. 2A–C) and the aorta inferiorly
 273     (Figs. 2D–I and 3A–C)."
 274
 275     sup :
 276     Resizelike support : Trachea, SubclavianArtery
 277     Trachea, slice by slice, get centroid trachea
 278     SubclavianArtery, slice by slice, CCL
 279     prendre la 1ère à L et R, not at Left
 280
 281   */
 282   //  StartNewStep("[Station 3P] Left/Right limits (superior part) ");
 283
 284
 285 }
 286 //--------------------------------------------------------------------
 287
 288 //--------------------------------------------------------------------
 289 template <class ImageType>
 290 void
 291 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
 292 ExtractStation_3P_LR_inf_Limits()
 293 {
 294   /*
 295     "On the right side, the limit is deﬁned by the air–soft-tissue
 296     interface. On the left side, it is deﬁned by the air–tissue
 297     interface superiorly (Fig. 2A–C) and the aorta inferiorly
 298     (Figs. 2D–I and 3A–C)."
 299
 300     inf : not Right to Azygousvein
 301   */
 302   StartNewStep("[Station 3P] Left/Right limits (inferior part) with Azygousvein and Aorta");
 303
 304   // Load structures
 305   MaskImagePointer AzygousVein = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("AzygousVein");
 306   MaskImagePointer Aorta = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("Aorta");
 307
 308   DD("ici");
 309   writeImage<MaskImageType>(m_Working_Support, "ws.mhd");
 310
 311   typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<MaskImageType> RelPosFilterType;
 312   typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 313   relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 314   relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 315   relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 316   relPosFilter->SetInput(m_Working_Support);
 317   relPosFilter->SetInputObject(AzygousVein);
 318   relPosFilter->AddOrientationTypeString("R");
 319   relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 320   relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 321   relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 322   relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 323   relPosFilter->AutoCropFlagOn();
 324   relPosFilter->Update();
 325   m_Working_Support = relPosFilter->GetOutput();
 326
 327   DD("la");
 328   writeImage<MaskImageType>(m_Working_Support, "before-L-aorta.mhd");
 329   relPosFilter->SetInput(m_Working_Support);
 330   relPosFilter->SetInputObject(Aorta);
 331   relPosFilter->AddOrientationTypeString("L");
 332   relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 333   relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 334   relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 335   relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 336   relPosFilter->AutoCropFlagOn();
 337   relPosFilter->Update();
 338   m_Working_Support = relPosFilter->GetOutput();
 339   writeImage<MaskImageType>(m_Working_Support, "after-L-aorta.mhd");
 340
 341   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
 342   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
 343 }
 344 //--------------------------------------------------------------------