segmentation/clitkExtractLymphStation_3P.txx

   1
   2 //--------------------------------------------------------------------
   3 template <class ImageType>
   4 void
   5 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
   6 ExtractStation_3P_SetDefaultValues()
   7 {
   8 }
   9 //--------------------------------------------------------------------
  10
  11
  12 //--------------------------------------------------------------------
  13 template <class TImageType>
  14 void
  15 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
  16 ExtractStation_3P()
  17 {
  18   if (!CheckForStation("3P")) return;
  19
  20   // Get the current support
  21   StartNewStep("[Station 3P] Get the current 3P suppport");
  22   m_Working_Support = m_ListOfSupports["S3P"];
  23   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
  24   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
  25
  26   // LR limits inferiorly
  27   ExtractStation_3P_LR_inf_Limits();
  28
  29   // LR limits superiorly => not here for the moment because not
  30   //  clear in the def
  31   // ExtractStation_3P_LR_sup_Limits_2(); //TODO
  32   // ExtractStation_3P_LR_sup_Limits();   // old version to change
  33
  34   ExtractStation_8_Single_CCL_Limits(); // YES 8 !
  35   ExtractStation_3P_Remove_Structures(); // after CCL
  36
  37   // Store image filenames into AFDB
  38   writeImage<MaskImageType>(m_ListOfStations["3P"], "seg/Station3P.mhd");
  39   GetAFDB()->SetImageFilename("Station3P", "seg/Station3P.mhd");
  40   WriteAFDB();
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 template <class ImageType>
  47 void
  48 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
  49 ExtractStation_3P_Remove_Structures()
  50 {
  51   StartNewStep("[Station 3P] Remove some structures.");
  52
  53   Remove_Structures("3P", "Aorta");
  54   Remove_Structures("3P", "VertebralBody");
  55   Remove_Structures("3P", "SubclavianArteryLeft");
  56   Remove_Structures("3P", "SubclavianArteryRight");
  57   Remove_Structures("3P", "Esophagus");
  58   Remove_Structures("3P", "AzygousVein");
  59   Remove_Structures("3P", "Thyroid");
  60   Remove_Structures("3P", "VertebralArtery");
  61
  62   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
  63   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
  64 }
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68 //--------------------------------------------------------------------
  69 template <class ImageType>
  70 void
  71 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
  72 ExtractStation_3P_LR_sup_Limits()
  73 {
  74   /*
  75     "On the right side, the limit is deﬁned by the air–soft-tissue
  76     interface. On the left side, it is deﬁned by the air–tissue
  77     interface superiorly (Fig. 2A–C) and the aorta inferiorly
  78     (Figs. 2D–I and 3A–C)."
  79
  80     sup :
  81     Resizelike support : Trachea, SubclavianArtery
  82     Trachea, slice by slice, get centroid trachea
  83     SubclavianArtery, slice by slice, CCL
  84     prendre la 1ère à L et R, not at Left
  85
  86   */
  87   StartNewStep("[Station 3P] Left/Right limits (superior part) ");
  88
  89   // Load structures
  90   MaskImagePointer Trachea = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("Trachea");
  91   MaskImagePointer SubclavianArtery = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("SubclavianArtery");
  92
  93   // Crop like current support
  94   Trachea = clitk::ResizeImageLike<MaskImageType>(Trachea, m_Working_Support, GetBackgroundValue());
  95   SubclavianArtery = clitk::ResizeImageLike<MaskImageType>(SubclavianArtery, m_Working_Support, GetBackgroundValue());
  96
  97   writeImage<MaskImageType>(Trachea, "tr.mhd");
  98   writeImage<MaskImageType>(SubclavianArtery, "sca.mhd");
  99
 100   // Get list of slices
 101   std::vector<MaskSlicePointer> slices_support;
 102   std::vector<MaskSlicePointer> slices_trachea;
 103   std::vector<MaskSlicePointer> slices_subclavianartery;
 104   clitk::ExtractSlices<MaskImageType>(m_Working_Support, 2, slices_support);
 105   clitk::ExtractSlices<MaskImageType>(Trachea, 2, slices_trachea);
 106   clitk::ExtractSlices<MaskImageType>(SubclavianArtery, 2, slices_subclavianartery);
 107
 108   // Loop on slices
 109   std::vector<MaskImagePointType> points;
 110   MaskImagePointType p;
 111   for(uint i=0; i<slices_support.size(); i++) {
 112     // Get Trachea centroid
 113     std::vector<typename MaskSliceType::PointType> centroids;
 114     typename MaskSliceType::PointType c;
 115     ComputeCentroids<MaskSliceType>(slices_trachea[i], GetBackgroundValue(), centroids);
 116     c = centroids[1];
 117
 118     // [debug] Store point
 119     clitk::PointsUtils<MaskImageType>::Convert2DTo3D(centroids[1], Trachea, i, p);
 120     points.push_back(p);
 121
 122     // Get Right and Left CCL in SubclavianArtery
 123     slices_subclavianartery[i] = Labelize<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], 0, true, 10);
 124     ComputeCentroids<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], GetBackgroundValue(), centroids);
 125
 126     if (centroids.size() > 1) {
 127       // Determine the one at Right/Left -> first after Trachea
 128       // centroid
 129       typename MaskSliceType::PointType right;
 130       typename MaskSliceType::PointType left;
 131       int label_right=-1;
 132       int label_left=-1;
 133       right[0] = c[0]-100;
 134       left[0] = c[0]+100;
 135       for(uint j=1; j<centroids.size(); j++) {
 136         if (centroids[j][0] < c[0]) { // At Right of Trachea centroid
 137           if (centroids[j][0] >= right[0]) {
 138             right = centroids[j];
 139             label_right = j;
 140           }
 141         }
 142         if (centroids[j][0] > c[0]) { // At Left of Trachea centroid
 143           if (centroids[j][0] <= left[0]) {
 144             left = centroids[j];
 145             label_left = j;
 146           }
 147         }
 148       }
 149
 150       if (label_right != -1) {
 151
 152         // Debug points
 153         clitk::PointsUtils<MaskImageType>::Convert2DTo3D(centroids[label_right], SubclavianArtery, i, p);
 154         points.push_back(p);
 155
 156         // Set Background and ForegroundValue according to label_right
 157         MaskSlicePointer object =
 158           clitk::Binarize<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], label_right, label_right,
 159                                          GetBackgroundValue(), GetForegroundValue());
 160
 161         // Relative Position : not at Right
 162         typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<MaskSliceType> RelPosFilterType;
 163         typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 164         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 165         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 166         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 167         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 168         relPosFilter->SetInputObject(object);
 169         relPosFilter->AddOrientationTypeString("R");
 170         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 171         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 172         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 173         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 174         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 175         relPosFilter->Update();
 176         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 177
 178         // Relative Position : not Anterior
 179         relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 180         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 181         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 182         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 183         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 184         relPosFilter->SetInputObject(object);
 185         relPosFilter->AddOrientationTypeString("A");
 186         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 187         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 188         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 189         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 190         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 191         relPosFilter->Update();
 192         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 193
 194       } // End RelativePosition for Right
 195
 196
 197       if (label_left != -1) {
 198
 199         // Debug points
 200         clitk::PointsUtils<MaskImageType>::Convert2DTo3D(centroids[label_left], SubclavianArtery, i, p);
 201         points.push_back(p);
 202
 203         // Set Background and ForegroundValue according to label_right
 204         MaskSlicePointer object =
 205           clitk::Binarize<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], label_left, label_left,
 206                                          GetBackgroundValue(), GetForegroundValue());
 207
 208         // Relative Position : not at Right
 209         typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<MaskSliceType> RelPosFilterType;
 210         typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 211         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 212         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 213         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 214         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 215         relPosFilter->SetInputObject(object);
 216         relPosFilter->AddOrientationTypeString("L");
 217         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 218         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 219         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 220         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 221         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 222         relPosFilter->Update();
 223         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 224
 225         // Relative Position : not Anterior
 226         relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 227         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 228         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 229         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 230         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 231         relPosFilter->SetInputObject(object);
 232         relPosFilter->AddOrientationTypeString("A");
 233         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 234         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 235         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 236         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 237         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 238         relPosFilter->Update();
 239         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 240
 241       }
 242
 243
 244     } // if centroids.size > 1
 245   } // End loop slices
 246
 247   // Joint slices
 248   m_Working_Support = clitk::JoinSlices<MaskImageType>(slices_support, m_Working_Support, 2);
 249
 250   // Save list points
 251   clitk::WriteListOfLandmarks<MaskImageType>(points, "subcl-lr.txt");
 252
 253
 254   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
 255   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
 256 }
 257 //--------------------------------------------------------------------
 258
 259 //--------------------------------------------------------------------
 260 template <class ImageType>
 261 void
 262 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
 263 ExtractStation_3P_LR_sup_Limits_2()
 264 {
 265   /*
 266     "On the right side, the limit is deﬁned by the air–soft-tissue
 267     interface. On the left side, it is deﬁned by the air–tissue
 268     interface superiorly (Fig. 2A–C) and the aorta inferiorly
 269     (Figs. 2D–I and 3A–C)."
 270
 271     sup :
 272     Resizelike support : Trachea, SubclavianArtery
 273     Trachea, slice by slice, get centroid trachea
 274     SubclavianArtery, slice by slice, CCL
 275     prendre la 1ère à L et R, not at Left
 276
 277   */
 278   //  StartNewStep("[Station 3P] Left/Right limits (superior part) ");
 279
 280
 281 }
 282 //--------------------------------------------------------------------
 283
 284 //--------------------------------------------------------------------
 285 template <class ImageType>
 286 void
 287 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
 288 ExtractStation_3P_LR_inf_Limits()
 289 {
 290   /*
 291     "On the right side, the limit is deﬁned by the air–soft-tissue
 292     interface. On the left side, it is deﬁned by the air–tissue
 293     interface superiorly (Fig. 2A–C) and the aorta inferiorly
 294     (Figs. 2D–I and 3A–C)."
 295
 296     inf : not Right to Azygousvein
 297   */
 298   StartNewStep("[Station 3P] Left/Right limits (inferior part) with Azygousvein and Aorta");
 299
 300   // Load structures
 301   MaskImagePointer AzygousVein = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("AzygousVein");
 302   MaskImagePointer Aorta = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("Aorta");
 303
 304   DD("ici");
 305   writeImage<MaskImageType>(m_Working_Support, "ws.mhd");
 306
 307   typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<MaskImageType> RelPosFilterType;
 308   typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 309   relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 310   relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 311   relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 312   relPosFilter->SetInput(m_Working_Support);
 313   relPosFilter->SetInputObject(AzygousVein);
 314   relPosFilter->AddOrientationTypeString("R");
 315   relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 316   relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 317   relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 318   relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 319   relPosFilter->AutoCropFlagOn();
 320   relPosFilter->Update();
 321   m_Working_Support = relPosFilter->GetOutput();
 322
 323   DD("la");
 324   writeImage<MaskImageType>(m_Working_Support, "before-L-aorta.mhd");
 325   relPosFilter->SetInput(m_Working_Support);
 326   relPosFilter->SetInputObject(Aorta);
 327   relPosFilter->AddOrientationTypeString("L");
 328   relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 329   relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 330   relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 331   relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 332   relPosFilter->AutoCropFlagOn();
 333   relPosFilter->Update();
 334   m_Working_Support = relPosFilter->GetOutput();
 335   writeImage<MaskImageType>(m_Working_Support, "after-L-aorta.mhd");
 336
 337   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
 338   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
 339 }
 340 //--------------------------------------------------------------------