segmentation/clitkExtractLymphStation_3P.txx

   1
   2 //--------------------------------------------------------------------
   3 template <class ImageType>
   4 void
   5 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
   6 ExtractStation_3P_SetDefaultValues()
   7 {
   8 }
   9 //--------------------------------------------------------------------
  10
  11
  12 //--------------------------------------------------------------------
  13 template <class TImageType>
  14 void
  15 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
  16 ExtractStation_3P()
  17 {
  18   if (!CheckForStation("3P")) return;
  19
  20   StartNewStep("Station 3P");
  21   StartSubStep();
  22
  23   // Get the current support
  24   StartNewStep("[Station 3P] Get the current 3P suppport");
  25   m_Working_Support = m_ListOfSupports["S3P"];
  26   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
  27   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
  28
  29   /* TODO
  30      LR_sup -> AzygousVein, Aorta
  31
  32 keep computed object, RelPos then
  33
  34
  35    */
  36
  37
  38   ExtractStation_3P_LR_inf_Limits();
  39   ExtractStation_8_Single_CCL_Limits(); // YES 8 !
  40   ExtractStation_3P_Remove_Structures(); // after CCL
  41
  42   // Old stuff
  43   // LR limits superiorly => not here for the moment because not
  44   //  clear in the def
  45   // ExtractStation_3P_LR_sup_Limits_2(); //TODO
  46   // ExtractStation_3P_LR_sup_Limits();   // old version to change
  47
  48   m_ListOfStations["3P"] = this->ApplyRelativePositionList("Station_3P", m_ListOfStations["3P"]);
  49
  50   // Store image filenames into AFDB
  51   writeImage<MaskImageType>(m_ListOfStations["3P"], "seg/Station3P.mhd");
  52   GetAFDB()->SetImageFilename("Station3P", "seg/Station3P.mhd");
  53   WriteAFDB();
  54   StopSubStep();
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 template <class ImageType>
  61 void
  62 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
  63 ExtractStation_3P_Remove_Structures()
  64 {
  65   StartNewStep("[Station 3P] Remove some structures.");
  66
  67   Remove_Structures("3P", "Aorta");
  68   Remove_Structures("3P", "VertebralBody");
  69   Remove_Structures("3P", "SubclavianArteryLeft");
  70   Remove_Structures("3P", "SubclavianArteryRight");
  71   Remove_Structures("3P", "Esophagus");
  72   Remove_Structures("3P", "AzygousVein");
  73   Remove_Structures("3P", "Thyroid");
  74   Remove_Structures("3P", "VertebralArtery");
  75
  76   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
  77   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
  78 }
  79 //--------------------------------------------------------------------
  80
  81
  82 //--------------------------------------------------------------------
  83 template <class ImageType>
  84 void
  85 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
  86 ExtractStation_3P_LR_sup_Limits()
  87 {
  88   /*
  89     "On the right side, the limit is deﬁned by the air–soft-tissue
  90     interface. On the left side, it is deﬁned by the air–tissue
  91     interface superiorly (Fig. 2A–C) and the aorta inferiorly
  92     (Figs. 2D–I and 3A–C)."
  93
  94     sup :
  95     Resizelike support : Trachea, SubclavianArtery
  96     Trachea, slice by slice, get centroid trachea
  97     SubclavianArtery, slice by slice, CCL
  98     prendre la 1ère à L et R, not at Left
  99
 100   */
 101   StartNewStep("[Station 3P] Left/Right limits (superior part) ");
 102
 103   // Load structures
 104   MaskImagePointer Trachea = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("Trachea");
 105   MaskImagePointer SubclavianArtery = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("SubclavianArtery");
 106
 107   // Crop like current support
 108   Trachea = clitk::ResizeImageLike<MaskImageType>(Trachea, m_Working_Support, GetBackgroundValue());
 109   SubclavianArtery = clitk::ResizeImageLike<MaskImageType>(SubclavianArtery, m_Working_Support, GetBackgroundValue());
 110
 111   writeImage<MaskImageType>(Trachea, "tr.mhd");
 112   writeImage<MaskImageType>(SubclavianArtery, "sca.mhd");
 113
 114   // Get list of slices
 115   std::vector<MaskSlicePointer> slices_support;
 116   std::vector<MaskSlicePointer> slices_trachea;
 117   std::vector<MaskSlicePointer> slices_subclavianartery;
 118   clitk::ExtractSlices<MaskImageType>(m_Working_Support, 2, slices_support);
 119   clitk::ExtractSlices<MaskImageType>(Trachea, 2, slices_trachea);
 120   clitk::ExtractSlices<MaskImageType>(SubclavianArtery, 2, slices_subclavianartery);
 121
 122   // Loop on slices
 123   std::vector<MaskImagePointType> points;
 124   MaskImagePointType p;
 125   for(uint i=0; i<slices_support.size(); i++) {
 126     // Get Trachea centroid
 127     std::vector<typename MaskSliceType::PointType> centroids;
 128     typename MaskSliceType::PointType c;
 129     ComputeCentroids<MaskSliceType>(slices_trachea[i], GetBackgroundValue(), centroids);
 130     c = centroids[1];
 131
 132     // [debug] Store point
 133     clitk::PointsUtils<MaskImageType>::Convert2DTo3D(centroids[1], Trachea, i, p);
 134     points.push_back(p);
 135
 136     // Get Right and Left CCL in SubclavianArtery
 137     slices_subclavianartery[i] = Labelize<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], 0, true, 10);
 138     ComputeCentroids<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], GetBackgroundValue(), centroids);
 139
 140     if (centroids.size() > 1) {
 141       // Determine the one at Right/Left -> first after Trachea
 142       // centroid
 143       typename MaskSliceType::PointType right;
 144       typename MaskSliceType::PointType left;
 145       int label_right=-1;
 146       int label_left=-1;
 147       right[0] = c[0]-100;
 148       left[0] = c[0]+100;
 149       for(uint j=1; j<centroids.size(); j++) {
 150         if (centroids[j][0] < c[0]) { // At Right of Trachea centroid
 151           if (centroids[j][0] >= right[0]) {
 152             right = centroids[j];
 153             label_right = j;
 154           }
 155         }
 156         if (centroids[j][0] > c[0]) { // At Left of Trachea centroid
 157           if (centroids[j][0] <= left[0]) {
 158             left = centroids[j];
 159             label_left = j;
 160           }
 161         }
 162       }
 163
 164       if (label_right != -1) {
 165
 166         // Debug points
 167         clitk::PointsUtils<MaskImageType>::Convert2DTo3D(centroids[label_right], SubclavianArtery, i, p);
 168         points.push_back(p);
 169
 170         // Set Background and ForegroundValue according to label_right
 171         MaskSlicePointer object =
 172           clitk::Binarize<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], label_right, label_right,
 173                                          GetBackgroundValue(), GetForegroundValue());
 174
 175         // Relative Position : not at Right
 176         typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<MaskSliceType> RelPosFilterType;
 177         typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 178         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 179         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 180         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 181         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 182         relPosFilter->SetInputObject(object);
 183         relPosFilter->AddOrientationTypeString("RightTo");
 184         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 185         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 186         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 187         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 188         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 189         relPosFilter->Update();
 190         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 191
 192         // Relative Position : not Anterior
 193         relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 194         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 195         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 196         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 197         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 198         relPosFilter->SetInputObject(object);
 199         relPosFilter->AddOrientationTypeString("AntTo");
 200         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 201         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 202         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 203         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 204         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 205         relPosFilter->Update();
 206         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 207
 208       } // End RelativePosition for Right
 209
 210
 211       if (label_left != -1) {
 212
 213         // Debug points
 214         clitk::PointsUtils<MaskImageType>::Convert2DTo3D(centroids[label_left], SubclavianArtery, i, p);
 215         points.push_back(p);
 216
 217         // Set Background and ForegroundValue according to label_right
 218         MaskSlicePointer object =
 219           clitk::Binarize<MaskSliceType>(slices_subclavianartery[i], label_left, label_left,
 220                                          GetBackgroundValue(), GetForegroundValue());
 221
 222         // Relative Position : not at Right
 223         typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<MaskSliceType> RelPosFilterType;
 224         typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 225         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 226         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 227         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 228         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 229         relPosFilter->SetInputObject(object);
 230         relPosFilter->AddOrientationTypeString("L");
 231         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 232         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 233         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 234         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 235         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 236         relPosFilter->Update();
 237         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 238
 239         // Relative Position : not Anterior
 240         relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 241         relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 242         relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 243         relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 244         relPosFilter->SetInput(slices_support[i]);
 245         relPosFilter->SetInputObject(object);
 246         relPosFilter->AddOrientationTypeString("A");
 247         relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 248         //      relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 249         relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 250         relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 251         relPosFilter->AutoCropFlagOff(); // important ! because we join the slices after this loop
 252         relPosFilter->Update();
 253         slices_support[i] = relPosFilter->GetOutput();
 254
 255       }
 256
 257
 258     } // if centroids.size > 1
 259   } // End loop slices
 260
 261   // Joint slices
 262   m_Working_Support = clitk::JoinSlices<MaskImageType>(slices_support, m_Working_Support, 2);
 263
 264   // Save list points
 265   clitk::WriteListOfLandmarks<MaskImageType>(points, "subcl-lr.txt");
 266
 267
 268   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
 269   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
 270 }
 271 //--------------------------------------------------------------------
 272
 273 //--------------------------------------------------------------------
 274 template <class ImageType>
 275 void
 276 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
 277 ExtractStation_3P_LR_sup_Limits_2()
 278 {
 279   /*
 280     "On the right side, the limit is deﬁned by the air–soft-tissue
 281     interface. On the left side, it is deﬁned by the air–tissue
 282     interface superiorly (Fig. 2A–C) and the aorta inferiorly
 283     (Figs. 2D–I and 3A–C)."
 284
 285     sup :
 286     Resizelike support : Trachea, SubclavianArtery
 287     Trachea, slice by slice, get centroid trachea
 288     SubclavianArtery, slice by slice, CCL
 289     prendre la 1ère à L et R, not at Left
 290
 291   */
 292   //  StartNewStep("[Station 3P] Left/Right limits (superior part) ");
 293
 294
 295 }
 296 //--------------------------------------------------------------------
 297
 298 //--------------------------------------------------------------------
 299 template <class ImageType>
 300 void
 301 clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType>::
 302 ExtractStation_3P_LR_inf_Limits()
 303 {
 304   /*
 305     "On the right side, the limit is deﬁned by the air–soft-tissue
 306     interface. On the left side, it is deﬁned by the air–tissue
 307     interface superiorly (Fig. 2A–C) and the aorta inferiorly
 308     (Figs. 2D–I and 3A–C)."
 309
 310     inf : not Right to Azygousvein
 311   */
 312   StartNewStep("[Station 3P] Left/Right limits (inferior part) with Azygousvein and Aorta");
 313
 314   // Load structures
 315   MaskImagePointer AzygousVein = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("AzygousVein");
 316   MaskImagePointer Aorta = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("Aorta");
 317
 318   DD("ici");
 319   writeImage<MaskImageType>(m_Working_Support, "ws.mhd");
 320
 321   typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<MaskImageType> RelPosFilterType;
 322   typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 323   relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 324   relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 325   relPosFilter->SetBackgroundValue(GetBackgroundValue());
 326   relPosFilter->SetInput(m_Working_Support);
 327   relPosFilter->SetInputObject(AzygousVein);
 328   relPosFilter->AddOrientationTypeString("R");
 329   relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 330   relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 331   relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 332   relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 333   relPosFilter->AutoCropFlagOn();
 334   relPosFilter->Update();
 335   m_Working_Support = relPosFilter->GetOutput();
 336
 337   DD("la");
 338   writeImage<MaskImageType>(m_Working_Support, "before-L-aorta.mhd");
 339   relPosFilter->SetInput(m_Working_Support);
 340   relPosFilter->SetInputObject(Aorta);
 341   relPosFilter->AddOrientationTypeString("L");
 342   relPosFilter->SetInverseOrientationFlag(true);
 343   relPosFilter->SetIntermediateSpacing(3);
 344   relPosFilter->SetIntermediateSpacingFlag(false);
 345   relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.7);
 346   relPosFilter->AutoCropFlagOn();
 347   relPosFilter->Update();
 348   m_Working_Support = relPosFilter->GetOutput();
 349   writeImage<MaskImageType>(m_Working_Support, "after-L-aorta.mhd");
 350
 351   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
 352   m_ListOfStations["3P"] = m_Working_Support;
 353 }
 354 //--------------------------------------------------------------------