segmentation/clitkExtractLymphStation_4RL.txx

   1 //--------------------------------------------------------------------
   2 template <class TImageType>
   3 void
   4 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
   5 ExtractStation_4RL_SI_Limits()
   6 {
   7   /* SupInf limits :
   8   - top of aortic arch
   9   - ends at the upper lobe bronchus or where the right pulmonary artery crosses the midline of the mediastinum
  10   */
  11
  12   // Local variables
  13   double m_TopOfAorticArchInMM;
  14   double m_UpperLobeBronchusZPositionInMM;
  15   double m_RightPulmoArteyrCrossesMidMediastinumZPositionInMM;
  16
  17   // Get Inputs
  18   m_TopOfAorticArchInMM = GetAFDB()->GetPoint3D("topOfAorticArch", 2);
  19   DD(m_TopOfAorticArchInMM);
  20   m_UpperLobeBronchusZPositionInMM = GetAFDB()->GetPoint3D("rightUpperLobeBronchus", 2);
  21   DD(m_UpperLobeBronchusZPositionInMM);
  22   m_RightPulmoArteyrCrossesMidMediastinumZPositionInMM = GetAFDB()->GetPoint3D("rightPulmoArteryCrossesMidMediastinum", 2);
  23   DD(m_RightPulmoArteyrCrossesMidMediastinumZPositionInMM);
  24
  25   /* Crop support */
  26   StartNewStep("Inf/Sup mediastinum limits with aortic arch/upperLBronchus");
  27   double inf = std::max(m_UpperLobeBronchusZPositionInMM, m_RightPulmoArteyrCrossesMidMediastinumZPositionInMM);
  28   m_Working_Support =
  29     clitk::CropImageAlongOneAxis<MaskImageType>(m_Support, 2,
  30                                                 inf,
  31                                                 m_TopOfAorticArchInMM, true,
  32                                                 GetBackgroundValue());
  33   StopCurrentStep<MaskImageType>(m_Working_Support);
  34
  35   m_Station4RL = m_Working_Support;
  36 }
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38
  39
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41 template <class TImageType>
  42 void
  43 clitk::ExtractLymphStationsFilter<TImageType>::
  44 ExtractStation_4RL_LR_Limits()
  45 {
  46   // 4R first
  47
  48   // Left : midline of the trachea
  49   // Right : "- upper part : contained within the pleural envelope
  50   //- intermediate section : medial to the superior vena cava and the arch of the azygos vein
  51   // - very caudal part : right upper lobe pulmonary vein"
  52   // AAV ??
  53
  54   // Constraint at right from the SVC
  55   MaskImagePointer svc = GetAFDB()->template GetImage<MaskImageType>("SVC");
  56   typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<MaskImageType> RelPosFilterType;
  57   typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
  58   relPosFilter->SetCurrentStepBaseId(this->GetCurrentStepId());
  59   relPosFilter->VerboseStepOff();
  60   relPosFilter->WriteStepOff();
  61   relPosFilter->SetInput(m_Working_Support);
  62   relPosFilter->SetInputObject(svc);
  63   relPosFilter->SetOrientationType(RelPosFilterType::RightTo);
  64   relPosFilter->SetIntermediateSpacing(2);
  65   relPosFilter->SetFuzzyThreshold(0.3);
  66   relPosFilter->Update();
  67   m_Working_Support = relPosFilter->GetOutput();
  68   m_Station4RL = m_Working_Support;
  69
  70   // Left -> midline of the trachea
  71   // slice by slice, find X coord of 2D centroid (?)
  72   // check with previous line in order to not move too fast
  73
  74   // skeleton ? -> need path description ? follow from slice to slice
  75   // OR CENTROID at each slice ?
  76
  77   // Crop trachea
  78   // Extract list of slice from trachea
  79   // Loop slice -> Get centroid crop along line (BB limit) -> two supports
  80
  81   // Crop the trachea like the current support
  82   MaskImagePointer crop_trachea =
  83     clitk::ResizeImageLike<MaskImageType>(m_Trachea, m_Working_Support, GetBackgroundValue());
  84   writeImage<MaskImageType>(crop_trachea, "croptrachea.mhd");
  85
  86   // Extract all the slices
  87   typedef clitk::ExtractSliceFilter<MaskImageType> ExtractSliceFilterType;
  88   typedef typename ExtractSliceFilterType::SliceType SliceType;
  89   typename ExtractSliceFilterType::Pointer
  90     extractSliceFilter = ExtractSliceFilterType::New();
  91   extractSliceFilter->SetInput(crop_trachea);
  92   extractSliceFilter->SetDirection(2);
  93   extractSliceFilter->Update();
  94   std::vector<typename SliceType::Pointer> trachea_slices;
  95   extractSliceFilter->GetOutputSlices(trachea_slices);
  96
  97
  98
  99 }
 100 //--------------------------------------------------------------------