segmentation/clitkExtractLymphStations.ggo

   1 #File clitkExtractLymphStations.ggo
   2 package "clitkExtractLymphStations"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Extract LymphStations with help of TODO"
   5
   6 option "config" - "Config file" string no
   7 option "imagetypes" - "Display allowed image types" flag off
   8 option "verbose" v "Verbose" flag off
   9 option "verboseStep" - "Verbose each step" flag off
  10 option "writeStep" w "Write image at each step" flag off
  11 option "verboseOption" - "Display options values" flag off
  12 option "verboseWarningOff" - "Do not display warning" flag off
  13 option "verboseMemory" - "Display memory usage" flag off
  14
  15 section "I/O"
  16
  17 option "afdb" a "Input Anatomical Feature DB" string no
  18 option "input" i "Input filename" string no
  19 option "output" o "Output lungs mask filename" string no
  20
  21 section "Options for all stations"
  22 option "station" - "Force to compute station even if already exist in the DB" string no multiple
  23 option "nosupport" - "Do not recompute the station supports if already available" flag off
  24 option "relpos" - "List of filenames for relativeposition operations" string no multiple
  25
  26 section "Options for Station 3A"
  27
  28 section "Options for Station 2RL"
  29
  30 section "Options for Station 1RL"
  31
  32
  33 section "Options for Station 8"
  34 option "S8_esophagusDilatationForAnt" - "Dilatation of esophagus, in mm, for 'anterior' limits (default=15,2,1)" double no multiple
  35 option "S8_esophagusDilatationForRight" - "Dilatation of esophagus, in mm, for 'right' limits (default=5,10,1)" double no multiple
  36 option "S8_ft_Esophagus" - "Fuzzy Threshold for 'Post' to dilated Esophagus" double default="0.5" no
  37
  38 section "Options for Station 7"
  39 option "S7_ft_Bronchi" - "Fuzzy Threshold for Left/Right bronchi" double default="0.1" no
  40 option "S7_ft_LeftSuperiorPulmonaryVein" - "Fuzzy Threshold for LeftSuperiorPulmonaryVein" double default="0.3" no
  41 option "S7_ft_RightSuperiorPulmonaryVein" - "Fuzzy Threshold for RightSuperiorPulmonaryVein" double default="0.2" no
  42 option "S7_ft_RightPulmonaryArtery" - "Fuzzy Threshold for RightPulmonaryArtery" double default="0.3" no
  43 option "S7_ft_LeftPulmonaryArtery" - "Fuzzy Threshold for LeftPulmonaryArtery (NOT USEFUL YET)" double default="0.5" no
  44 option "S7_ft_SVC" - "Fuzzy Threshold for SVC" double default="0.2" no
  45 option "S7_UseMostInferiorPartOnly" - "Inferior separation with S8." flag off
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