segmentation/clitkExtractLymphStations.ggo

   1 #File clitkExtractLymphStations.ggo
   2 package "clitkExtractLymphStations"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Extract LymphStations with help of TODO"
   5
   6 option "config"         -  "Config file"                  string        no
   7 option "imagetypes"     -  "Display allowed image types"  flag          off
   8 option "verbose"        v  "Verbose"                      flag          off
   9 option "verboseStep"    -  "Verbose each step"            flag          off
  10 option "writeStep"      w  "Write image at each step"     flag          off
  11 option "verboseOption"  -  "Display options values"       flag          off
  12 option "verboseWarningOff" -  "Do not display warning"    flag          off
  13 option "verboseMemory"  -  "Display memory usage"         flag          off
  14
  15 section "I/O"
  16
  17 option "afdb"          a        "Input Anatomical Feature DB"     string        no
  18 option "input"         i        "Input filename"                  string        no
  19 option "output"        o        "Output lungs mask filename"      string        no
  20 option "station"       -        "Force to compute station even if already exist in the DB"      string  no multiple
  21 option "nosupport"     -        "Do not recompute the station supports if already available"   flag off
  22
  23
  24 section "Options for Station 3A"
  25 option "S3A_ft_SVC"              - "Fuzzy Threshold for NotPost to SVC"         double default="0.5" no
  26 option "S3A_ft_Bones"            - "Fuzzy Threshold for Post to Bones"          double default="0.5" no
  27 option "S3A_t_Bones"             - "Binary HU Threshold for bones"              double default="250" no
  28 option "S3A_ft_Aorta"            - "Fuzzy Threshold for NotPost to Aorta"       double default="0.5" no
  29 option "S3A_ft_SubclavianArtery" - "Fuzzy Threshold for Ant to SubclavianArtery" double default="0.2" no
  30
  31
  32 section "Options for Station 8"
  33 option "S8_esophagusDilatationForAnt"   - "Dilatation of esophagus, in mm, for 'anterior' limits (default=15,2,1)" double no multiple
  34 option "S8_esophagusDilatationForRight" - "Dilatation of esophagus, in mm, for 'right' limits (default=5,10,1)" double no multiple
  35 option "S8_ft_Esophagus"                - "Fuzzy Threshold for 'Post' to dilated Esophagus" double default="0.5" no
  36
  37 section "Options for Station 7"
  38 option "S7_ft_Bronchi"                    - "Fuzzy Threshold for Left/Right bronchi" double default="0.1" no
  39 option "S7_ft_LeftSuperiorPulmonaryVein"  - "Fuzzy Threshold for LeftSuperiorPulmonaryVein" double default="0.3" no
  40 option "S7_ft_RightSuperiorPulmonaryVein" - "Fuzzy Threshold for RightSuperiorPulmonaryVein" double default="0.2" no
  41 option "S7_ft_RightPulmonaryArtery"       - "Fuzzy Threshold for RightPulmonaryArtery" double default="0.3" no
  42 option "S7_ft_LeftPulmonaryArtery"        - "Fuzzy Threshold for LeftPulmonaryArtery (NOT USEFUL YET)" double default="0.5" no
  43 option "S7_ft_SVC"                        - "Fuzzy Threshold for SVC" double default="0.2" no
  44 option "S7_UseMostInferiorPartOnly"    - "Inferior separation with S8."  flag off
  45
  46 section "Options for Station 2RL"
  47 option "S2RL_ft_CommonCarotidArtery"   - "Threshold for NotAntTo to CommonCarotidArtery"   double default="0.7" no
  48 option "S2RL_ft_BrachioCephalicTrunk"  - "Threshold for NotAntTo to BrachioCephalicTrunk"  double default="0.7" no
  49 option "S2RL_ft_BrachioCephalicVein"   - "Threshold for NotAntTo to BrachioCephalicVein"   double default="0.3" no
  50 option "S2RL_ft_Aorta"                 - "Threshold for RightTo  to Aorta"                 double default="0.7" no
  51 option "S2RL_ft_SubclavianArteryRight" - "Threshold for NotLeft  to SubclavianArteryRight" double default="0.5" no
  52 option "S2RL_ft_SubclavianArteryLeft"  - "Threshold for NotRight to SubclavianArteryLeft"  double default="0.8" no