segmentation/clitkExtractLymphStationsFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSFILTER_H
  20 #define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSFILTER_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkFilterBase.h"
  24 #include "clitkFilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement.h"
  25
  26 namespace clitk {
  27
  28   //--------------------------------------------------------------------
  29   /*
  30     Try to extract the LymphStations part of a thorax CT.
  31     Inputs :
  32     - Patient label image
  33     - Lungs label image
  34     - Bones label image
  35   */
  36   //--------------------------------------------------------------------
  37
  38   template <class TImageType>
  39   class ITK_EXPORT ExtractLymphStationsFilter:
  40     public virtual clitk::FilterBase,
  41     public clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement,
  42     public itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType>
  43   {
  44
  45   public:
  46     /** Standard class typedefs. */
  47     typedef itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType> Superclass;
  48     typedef ExtractLymphStationsFilter          Self;
  49     typedef itk::SmartPointer<Self>             Pointer;
  50     typedef itk::SmartPointer<const Self>       ConstPointer;
  51
  52     /** Method for creation through the object factory. */
  53     itkNewMacro(Self);
  54
  55     /** Run-time type information (and related methods). */
  56     itkTypeMacro(ExtractLymphStationsFilter, InPlaceImageFilter);
  57     FILTERBASE_INIT;
  58
  59     /** Some convenient typedefs. */
  60     typedef TImageType                       ImageType;
  61     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  62     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  63     typedef typename ImageType::RegionType   ImageRegionType;
  64     typedef typename ImageType::PixelType    ImagePixelType;
  65     typedef typename ImageType::SizeType     ImageSizeType;
  66     typedef typename ImageType::IndexType    ImageIndexType;
  67     typedef typename ImageType::PointType    ImagePointType;
  68
  69     /** Connect inputs */
  70     void SetInputMediastinumLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0);
  71     void SetInputTracheaLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0);
  72
  73     /** ImageDimension constants */
  74     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, TImageType::ImageDimension);
  75
  76     // Set all options at a time
  77     template<class ArgsInfoType>
  78       void SetArgsInfo(ArgsInfoType arg);
  79
  80     // Background / Foreground
  81     itkSetMacro(BackgroundValueMediastinum, ImagePixelType);
  82     itkGetConstMacro(BackgroundValueMediastinum, ImagePixelType);
  83     //GGO_DefineOption(MediastinumBG, SetBackgroundValueMediastinum, ImagePixelType);
  84
  85     itkSetMacro(BackgroundValueTrachea, ImagePixelType);
  86     itkGetConstMacro(BackgroundValueTrachea, ImagePixelType);
  87     //GGO_DefineOption(TracheaBG, SetBackgroundValueTrachea, ImagePixelType);
  88
  89     itkGetConstMacro(BackgroundValue, ImagePixelType);
  90     itkGetConstMacro(ForegroundValue, ImagePixelType);
  91
  92     //itkSetMacro(CarinaZPositionInMM, double);
  93     void SetCarinaZPositionInMM(double d) { m_CarinaZPositionInMM = d; Modified(); m_CarinaZPositionInMMIsSet = true; }
  94     itkGetConstMacro(CarinaZPositionInMM, double);
  95     GGO_DefineOption(carenaZposition, SetCarinaZPositionInMM, double);
  96
  97     itkSetMacro(MiddleLobeBronchusZPositionInMM, double);
  98     itkGetConstMacro(MiddleLobeBronchusZPositionInMM, double);
  99     GGO_DefineOption(middleLobeBronchusZposition, SetMiddleLobeBronchusZPositionInMM, double);
 100
 101     itkSetMacro(IntermediateSpacing, double);
 102     itkGetConstMacro(IntermediateSpacing, double);
 103     GGO_DefineOption(spacing, SetIntermediateSpacing, double);
 104
 105     itkSetMacro(FuzzyThreshold1, double);
 106     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold1, double);
 107     GGO_DefineOption(fuzzy1, SetFuzzyThreshold1, double);
 108
 109   protected:
 110     ExtractLymphStationsFilter();
 111     virtual ~ExtractLymphStationsFilter() {}
 112
 113     virtual void GenerateOutputInformation();
 114     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 115     virtual void GenerateData();
 116
 117     itkSetMacro(BackgroundValue, ImagePixelType);
 118     itkSetMacro(ForegroundValue, ImagePixelType);
 119
 120     ImageConstPointer m_mediastinum;
 121     ImageConstPointer m_trachea;
 122     ImagePointer m_working_image;
 123     ImagePointer m_working_trachea;
 124     ImagePointer m_output;
 125
 126     ImagePixelType m_BackgroundValueMediastinum;
 127     ImagePixelType m_BackgroundValueTrachea;
 128     ImagePixelType m_BackgroundValue;
 129     ImagePixelType m_ForegroundValue;
 130
 131     double m_CarinaZPositionInMM;
 132     bool   m_CarinaZPositionInMMIsSet;
 133     double m_MiddleLobeBronchusZPositionInMM;
 134     double m_IntermediateSpacing;
 135     double m_FuzzyThreshold1;
 136
 137   private:
 138     ExtractLymphStationsFilter(const Self&); //purposely not implemented
 139     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 140
 141   }; // end class
 142   //--------------------------------------------------------------------
 143
 144 } // end namespace clitk
 145 //--------------------------------------------------------------------
 146
 147 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 148 #include "clitkExtractLymphStationsFilter.txx"
 149 #endif
 150
 151 #endif