segmentation/clitkExtractLymphStationsFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSFILTER_H
  20 #define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSFILTER_H
  21
  22 #include "clitkFilterBase.h"
  23
  24 namespace clitk {
  25
  26   //--------------------------------------------------------------------
  27   /*
  28     Try to extract the LymphStations part of a thorax CT.
  29     Inputs :
  30     - Patient label image
  31     - Lungs label image
  32     - Bones label image
  33   */
  34   //--------------------------------------------------------------------
  35
  36   template <class TImageType>
  37   class ITK_EXPORT ExtractLymphStationsFilter:
  38     public clitk::FilterBase,
  39     public itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType>
  40   {
  41
  42   public:
  43     /** Standard class typedefs. */
  44     typedef itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType> Superclass;
  45     typedef ExtractLymphStationsFilter            Self;
  46     typedef itk::SmartPointer<Self>             Pointer;
  47     typedef itk::SmartPointer<const Self>       ConstPointer;
  48
  49     /** Method for creation through the object factory. */
  50     itkNewMacro(Self);
  51
  52     /** Run-time type information (and related methods). */
  53     itkTypeMacro(ExtractLymphStationsFilter, InPlaceImageFilter);
  54     FILTERBASE_INIT;
  55
  56     /** Some convenient typedefs. */
  57     typedef TImageType                       ImageType;
  58     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  59     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  60     typedef typename ImageType::RegionType   ImageRegionType;
  61     typedef typename ImageType::PixelType    ImagePixelType;
  62     typedef typename ImageType::SizeType     ImageSizeType;
  63     typedef typename ImageType::IndexType    ImageIndexType;
  64
  65     /** Connect inputs */
  66     void SetInputMediastinumLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0);
  67     void SetInputTracheaLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0);
  68
  69     /** ImageDimension constants */
  70     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, TImageType::ImageDimension);
  71
  72     // Set all options at a time
  73     template<class ArgsInfoType>
  74       void SetArgsInfo(ArgsInfoType arg);
  75
  76     // Background / Foreground
  77     itkSetMacro(BackgroundValueMediastinum, ImagePixelType);
  78     itkGetConstMacro(BackgroundValueMediastinum, ImagePixelType);
  79     //GGO_DefineOption(MediastinumBG, SetBackgroundValueMediastinum, ImagePixelType);
  80
  81     itkSetMacro(BackgroundValueTrachea, ImagePixelType);
  82     itkGetConstMacro(BackgroundValueTrachea, ImagePixelType);
  83     //GGO_DefineOption(TracheaBG, SetBackgroundValueTrachea, ImagePixelType);
  84
  85     itkGetConstMacro(BackgroundValue, ImagePixelType);
  86     itkGetConstMacro(ForegroundValue, ImagePixelType);
  87
  88     itkSetMacro(CarenaZPositionInMM, double);
  89     itkGetConstMacro(CarenaZPositionInMM, double);
  90     GGO_DefineOption(carenaZposition, SetCarenaZPositionInMM, double);
  91
  92     itkSetMacro(MiddleLobeBronchusZPositionInMM, double);
  93     itkGetConstMacro(MiddleLobeBronchusZPositionInMM, double);
  94     GGO_DefineOption(middleLobeBronchusZposition, SetMiddleLobeBronchusZPositionInMM, double);
  95
  96     itkSetMacro(IntermediateSpacing, double);
  97     itkGetConstMacro(IntermediateSpacing, double);
  98     GGO_DefineOption(spacing, SetIntermediateSpacing, double);
  99
 100     itkSetMacro(FuzzyThreshold1, double);
 101     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold1, double);
 102     GGO_DefineOption(fuzzy1, SetFuzzyThreshold1, double);
 103
 104
 105
 106   protected:
 107     ExtractLymphStationsFilter();
 108     virtual ~ExtractLymphStationsFilter() {}
 109
 110     virtual void GenerateOutputInformation();
 111     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 112     virtual void GenerateData();
 113
 114     itkSetMacro(BackgroundValue, ImagePixelType);
 115     itkSetMacro(ForegroundValue, ImagePixelType);
 116
 117     ImageConstPointer m_mediastinum;
 118     ImageConstPointer m_trachea;
 119     ImagePointer m_working_image;
 120     ImagePointer m_working_trachea;
 121     ImagePointer m_output;
 122
 123     ImagePixelType m_BackgroundValueMediastinum;
 124     ImagePixelType m_BackgroundValueTrachea;
 125     ImagePixelType m_BackgroundValue;
 126     ImagePixelType m_ForegroundValue;
 127
 128     double m_CarenaZPositionInMM;
 129     double m_MiddleLobeBronchusZPositionInMM;
 130     double m_IntermediateSpacing;
 131     double m_FuzzyThreshold1;
 132
 133   private:
 134     ExtractLymphStationsFilter(const Self&); //purposely not implemented
 135     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 136
 137   }; // end class
 138   //--------------------------------------------------------------------
 139
 140 } // end namespace clitk
 141 //--------------------------------------------------------------------
 142
 143 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 144 #include "clitkExtractLymphStationsFilter.txx"
 145 #endif
 146
 147 #endif