segmentation/clitkExtractLymphStationsGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractLymphStationsGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractLymphStations")
  28 {
  29   // Default values
  30   cmdline_parser_clitkExtractLymphStations_init(&mArgsInfo);
  31   InitializeImageType<3>();
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  40 {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  42   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  43   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  44   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 template<class ArgsInfoType>
  51 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  52 {
  53   mArgsInfo=a;
  54   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  55   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  56   if (mArgsInfo.mediastinum_given) AddInputFilename(mArgsInfo.mediastinum_arg);
  57   if (mArgsInfo.trachea_given) AddInputFilename(mArgsInfo.trachea_arg);
  58   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  59 }
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61
  62
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 template<class ArgsInfoType>
  67 template<class ImageType>
  68 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  69 {
  70   // Reading input
  71   typename ImageType::Pointer mediastinum = this->template GetInput<ImageType>(0);
  72   typename ImageType::Pointer trachea = this->template GetInput<ImageType>(1);
  73
  74   // Create filter
  75   typedef clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType> FilterType;
  76   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  77
  78   // Set global Options
  79   filter->SetInputMediastinumLabelImage(mediastinum, 0); // change 0 with BG
  80   filter->SetInputTracheaLabelImage(trachea, 0); // change 0 with BG
  81   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
  82
  83   // Go !
  84   filter->Update();
  85
  86   // Check if error
  87   if (filter->HasError()) {
  88     SetLastError(filter->GetLastError());
  89     // No output
  90     return;
  91   }
  92
  93   // Write/Save results
  94   typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
  95   this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
  96 }
  97 //--------------------------------------------------------------------
  98
  99 #endif //#define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX