segmentation/clitkExtractLymphStationsGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractLymphStationsGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractLymphStations")
  28 {
  29   // Default values
  30   cmdline_parser_clitkExtractLymphStations_init(&mArgsInfo);
  31   InitializeImageType<3>(); // Only for 3D images
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  40 {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short); // Can add float later
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47 template<class ArgsInfoType>
  48 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  49 {
  50   mArgsInfo=a;
  51   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  52   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  53   if (mArgsInfo.input_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  54   if (mArgsInfo.output_given) AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 template<class ArgsInfoType>
  61 template<class FilterType>
  62 void
  63 clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::
  64 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  65 {
  66   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  67   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  68   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  69   f->SetVerboseMemoryFlag(mArgsInfo.verboseMemory_flag);
  70   f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  71
  72   // Station 8
  73   //f->SetDistanceMaxToAnteriorPartOfTheSpine(mArgsInfo.S8_maxAntSpine_arg);
  74   f->SetFuzzyThreshold("8", "Esophagus", mArgsInfo.S8_ft_Esophagus_arg);
  75   //  f->SetInjectedThresholdForS8(mArgsInfo.tS8_injectedThreshold_arg);
  76
  77   // Check multiple options for radius dilatation
  78   /*
  79     typename FilterType::MaskImagePointType p;
  80     SetMultipleOptionMacro(mArgsInfo, esophagusDilatation, 3, p);
  81     default ? = set before
  82     exception if fail
  83    */
  84   typename FilterType::MaskImagePointType p;
  85   p[0] = 7; p[1] = 5; p[2] = 0; // default value
  86   if (mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForAnt_given == 3) {
  87     for(uint i=0; i<3; i++)
  88       p[i] = mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForAnt_arg[i];
  89   }
  90   else {
  91     if (mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForAnt_given == 1) {
  92       for(uint i=0; i<3; i++)
  93         p[i] = mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForAnt_arg[0];
  94     }
  95   }
  96   f->SetEsophagusDiltationForAnt(p);
  97
  98   p[0] = 5; p[1] = 10; p[2] = 1; // default value
  99   if (mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForRight_given == 3) {
 100     for(uint i=0; i<3; i++)
 101       p[i] = mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForRight_arg[i];
 102   }
 103   else {
 104     if (mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForRight_given == 1) {
 105       for(uint i=0; i<3; i++)
 106         p[i] = mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForRight_arg[0];
 107     }
 108   }
 109   f->SetEsophagusDiltationForRight(p);
 110
 111   for(uint i=0; i<mArgsInfo.station_given; i++)
 112     f->AddComputeStation(mArgsInfo.station_arg[i]);
 113
 114   // Station 7
 115   f->SetFuzzyThreshold("7", "Bronchi", mArgsInfo.S7_ft_Bronchi_arg);
 116   f->SetFuzzyThreshold("7", "LeftSuperiorPulmonaryVein", mArgsInfo.S7_ft_LeftSuperiorPulmonaryVein_arg);
 117   f->SetFuzzyThreshold("7", "RightSuperiorPulmonaryVein", mArgsInfo.S7_ft_RightSuperiorPulmonaryVein_arg);
 118   f->SetFuzzyThreshold("7", "RightPulmonaryArtery", mArgsInfo.S7_ft_RightPulmonaryArtery_arg);
 119   f->SetFuzzyThreshold("7", "LeftPulmonaryArtery", mArgsInfo.S7_ft_LeftPulmonaryArtery_arg);
 120   f->SetFuzzyThreshold("7", "SVC", mArgsInfo.S7_ft_SVC_arg);
 121   f->SetS7_UseMostInferiorPartOnlyFlag(mArgsInfo.S7_UseMostInferiorPartOnly_flag);
 122
 123   // Station 3A
 124   f->SetFuzzyThreshold("3A", "Sternum", mArgsInfo.S3A_ft_Sternum_arg);
 125   f->SetFuzzyThreshold("3A", "SubclavianArtery", mArgsInfo.S3A_ft_SubclavianArtery_arg);
 126
 127   // Station 2RL
 128   f->SetFuzzyThreshold("2RL", "CommonCarotidArtery", mArgsInfo.S2RL_ft_CommonCarotidArtery_arg);
 129   f->SetFuzzyThreshold("2RL", "BrachioCephalicTrunk", mArgsInfo.S2RL_ft_BrachioCephalicTrunk_arg);
 130   f->SetFuzzyThreshold("2RL", "BrachioCephalicVein", mArgsInfo.S2RL_ft_BrachioCephalicVein_arg);
 131   f->SetFuzzyThreshold("2RL", "Aorta", mArgsInfo.S2RL_ft_Aorta_arg);
 132   f->SetFuzzyThreshold("2RL", "SubclavianArteryLeft", mArgsInfo.S2RL_ft_SubclavianArteryLeft_arg);
 133   f->SetFuzzyThreshold("2RL", "SubclavianArteryRight", mArgsInfo.S2RL_ft_SubclavianArteryRight_arg);
 134 }
 135 //--------------------------------------------------------------------
 136
 137
 138 //--------------------------------------------------------------------
 139 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 140 //--------------------------------------------------------------------
 141 template<class ArgsInfoType>
 142 template<class ImageType>
 143 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
 144 {
 145   // Reading input
 146   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 147
 148   // Create filter
 149   typedef clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType> FilterType;
 150   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 151
 152   // Set global Options
 153   filter->SetInput(input);
 154   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 155
 156   // Go !
 157   filter->Update();
 158
 159   // Write/Save results
 160   typedef uchar MaskImagePixelType;
 161   typedef itk::Image<MaskImagePixelType, 3> OutputImageType;
 162   typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 163   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 164 }
 165 //--------------------------------------------------------------------
 166
 167 #endif //#define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX