segmentation/clitkExtractLymphStationsGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractLymphStationsGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractLymphStations")
  28 {
  29   // Default values
  30   cmdline_parser_clitkExtractLymphStations_init(&mArgsInfo);
  31   InitializeImageType<3>(); // Only for 3D images
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  40 {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short); // Can add float later
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47 template<class ArgsInfoType>
  48 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  49 {
  50   mArgsInfo=a;
  51   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  52   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  53   if (mArgsInfo.input_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  54   if (mArgsInfo.output_given) AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 template<class ArgsInfoType>
  61 template<class FilterType>
  62 void
  63 clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::
  64 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  65 {
  66   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  67   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  68   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  69   f->SetVerboseMemoryFlag(mArgsInfo.verboseMemory_flag);
  70   f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  71   f->SetAFDBPath(mArgsInfo.afdb_path_arg);
  72
  73   f->SetComputeStationsSupportsFlag(!mArgsInfo.nosupport_flag);
  74
  75   // Station 8
  76   //f->SetDistanceMaxToAnteriorPartOfTheSpine(mArgsInfo.S8_maxAntSpine_arg);
  77   f->SetFuzzyThreshold("8", "Esophagus", mArgsInfo.S8_ft_Esophagus_arg);
  78   //  f->SetInjectedThresholdForS8(mArgsInfo.tS8_injectedThreshold_arg);
  79
  80   // Check multiple options for radius dilatation
  81   /*
  82     typename FilterType::MaskImagePointType p;
  83     SetMultipleOptionMacro(mArgsInfo, esophagusDilatation, 3, p);
  84     default ? = set before
  85     exception if fail
  86    */
  87   typename FilterType::MaskImagePointType p;
  88   p[0] = 7; p[1] = 5; p[2] = 0; // default value
  89   if (mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForAnt_given == 3) {
  90     for(uint i=0; i<3; i++)
  91       p[i] = mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForAnt_arg[i];
  92   }
  93   else {
  94     if (mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForAnt_given == 1) {
  95       for(uint i=0; i<3; i++)
  96         p[i] = mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForAnt_arg[0];
  97     }
  98   }
  99   f->SetEsophagusDiltationForAnt(p);
 100
 101   p[0] = 5; p[1] = 10; p[2] = 1; // default value
 102   if (mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForRight_given == 3) {
 103     for(uint i=0; i<3; i++)
 104       p[i] = mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForRight_arg[i];
 105   }
 106   else {
 107     if (mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForRight_given == 1) {
 108       for(uint i=0; i<3; i++)
 109         p[i] = mArgsInfo.S8_esophagusDilatationForRight_arg[0];
 110     }
 111   }
 112   f->SetEsophagusDiltationForRight(p);
 113
 114   for(uint i=0; i<mArgsInfo.station_given; i++)
 115     f->AddComputeStation(mArgsInfo.station_arg[i]);
 116
 117   // Station 3A
 118
 119   // Station 7
 120   f->SetFuzzyThreshold("7", "Bronchi", mArgsInfo.S7_ft_Bronchi_arg);
 121   f->SetFuzzyThreshold("7", "LeftSuperiorPulmonaryVein", mArgsInfo.S7_ft_LeftSuperiorPulmonaryVein_arg);
 122   f->SetFuzzyThreshold("7", "RightSuperiorPulmonaryVein", mArgsInfo.S7_ft_RightSuperiorPulmonaryVein_arg);
 123   f->SetFuzzyThreshold("7", "RightPulmonaryArtery", mArgsInfo.S7_ft_RightPulmonaryArtery_arg);
 124   f->SetFuzzyThreshold("7", "LeftPulmonaryArtery", mArgsInfo.S7_ft_LeftPulmonaryArtery_arg);
 125   f->SetFuzzyThreshold("7", "SVC", mArgsInfo.S7_ft_SVC_arg);
 126   f->SetS7_UseMostInferiorPartOnlyFlag(mArgsInfo.S7_UseMostInferiorPartOnly_flag);
 127
 128   // Station 2RL
 129
 130   // Station 1RL
 131
 132   // Set RelativePositionList filenames
 133   for(uint i=0; i<mArgsInfo.relpos_given; i++)
 134     f->AddRelativePositionListFilename(mArgsInfo.relpos_arg[i]);
 135 }
 136 //--------------------------------------------------------------------
 137
 138
 139 //--------------------------------------------------------------------
 140 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 141 //--------------------------------------------------------------------
 142 template<class ArgsInfoType>
 143 template<class ImageType>
 144 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
 145 {
 146   // Reading input
 147   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 148
 149   // Create filter
 150   typedef clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType> FilterType;
 151   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 152
 153   // Set global Options
 154   filter->SetInput(input);
 155   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 156
 157   // Go !
 158   filter->Update();
 159
 160   // Write/Save results
 161   typedef uchar MaskImagePixelType;
 162   typedef itk::Image<MaskImagePixelType, 3> OutputImageType;
 163   typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 164   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 165 }
 166 //--------------------------------------------------------------------
 167
 168 #endif //#define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX