segmentation/clitkExtractLymphStationsGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractLymphStationsGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractLymphStations")
  28 {
  29   // Default values
  30   cmdline_parser_clitkExtractLymphStations_init(&mArgsInfo);
  31   InitializeImageType<3>(); // Only for 3D images
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  40 {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short); // Can add float later
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47 template<class ArgsInfoType>
  48 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  49 {
  50   mArgsInfo=a;
  51   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  52   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  53   if (mArgsInfo.input_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  54   if (mArgsInfo.output_given) AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 template<class ArgsInfoType>
  61 template<class FilterType>
  62 void
  63 clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::
  64 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  65 {
  66   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  67   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  68   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  69   f->SetVerboseMemoryFlag(mArgsInfo.verboseMemory_flag);
  70   f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  71   f->SetDistanceMaxToAnteriorPartOfTheSpine(mArgsInfo.maxAntSpine_arg);
  72   f->SetFuzzyThresholdForS8(mArgsInfo.fuzzyThresholdForS8_arg);
  73
  74   // Check multiple options for radius dilatation
  75   /*
  76     typename FilterType::MaskImagePointType p;
  77     SetMultipleOptionMacro(mArgsInfo, esophagusDilatation, 3, p);
  78     default ? = set before
  79     exception if fail
  80    */
  81   typename FilterType::MaskImagePointType p;
  82   p[0] = 7; p[1] = 5; p[2] = 0; // default value
  83   if (mArgsInfo.esophagusDilatationForAnt_given == 3) {
  84     for(uint i=0; i<3; i++)
  85       p[i] = mArgsInfo.esophagusDilatationForAnt_arg[i];
  86   }
  87   else {
  88     if (mArgsInfo.esophagusDilatationForAnt_given == 1) {
  89       for(uint i=0; i<3; i++)
  90         p[i] = mArgsInfo.esophagusDilatationForAnt_arg[0];
  91     }
  92   }
  93   f->SetEsophagusDiltationForAnt(p);
  94
  95   p[0] = 5; p[1] = 10; p[2] = 1; // default value
  96   if (mArgsInfo.esophagusDilatationForRight_given == 3) {
  97     for(uint i=0; i<3; i++)
  98       p[i] = mArgsInfo.esophagusDilatationForRight_arg[i];
  99   }
 100   else {
 101     if (mArgsInfo.esophagusDilatationForRight_given == 1) {
 102       for(uint i=0; i<3; i++)
 103         p[i] = mArgsInfo.esophagusDilatationForRight_arg[0];
 104     }
 105   }
 106   f->SetEsophagusDiltationForRight(p);
 107
 108   for(uint i=0; i<mArgsInfo.station_given; i++)
 109     f->AddComputeStation(mArgsInfo.station_arg[i]);
 110 }
 111 //--------------------------------------------------------------------
 112
 113
 114 //--------------------------------------------------------------------
 115 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 116 //--------------------------------------------------------------------
 117 template<class ArgsInfoType>
 118 template<class ImageType>
 119 void clitk::ExtractLymphStationsGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
 120 {
 121   // Reading input
 122   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 123
 124   // Create filter
 125   typedef clitk::ExtractLymphStationsFilter<ImageType> FilterType;
 126   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 127
 128   // Set global Options
 129   filter->SetInput(input);
 130   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 131
 132   // Go !
 133   filter->Update();
 134
 135   // Write/Save results
 136   typedef uchar MaskImagePixelType;
 137   typedef itk::Image<MaskImagePixelType, 3> OutputImageType;
 138   typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 139   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 140 }
 141 //--------------------------------------------------------------------
 142
 143 #endif //#define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX