segmentation/clitkExtractMediastinalVesselsGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractMediastinalVesselsGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractMediastinalVesselsGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractMediastinalVessels")
  28 {
  29   // Default values
  30   cmdline_parser_clitkExtractMediastinalVessels_init(&mArgsInfo);
  31   InitializeImageType<3>(); // Only for 3D images
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::ExtractMediastinalVesselsGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  40 {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short); // Can add float later
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47 template<class ArgsInfoType>
  48 void clitk::ExtractMediastinalVesselsGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  49 {
  50   mArgsInfo=a;
  51   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  52   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  53   if (mArgsInfo.input_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  54   if (mArgsInfo.output_given) AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 template<class ArgsInfoType>
  61 template<class FilterType>
  62 void
  63 clitk::ExtractMediastinalVesselsGenericFilter<ArgsInfoType>::
  64 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  65 {
  66   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  67   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  68   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  69   f->SetVerboseMemoryFlag(mArgsInfo.verboseMemory_flag);
  70   f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  71   f->SetOutputFolder(mArgsInfo.output_arg);
  72
  73   f->SetThreshold(mArgsInfo.threshold_arg);
  74 }
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76
  77
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81 template<class ArgsInfoType>
  82 template<class ImageType>
  83 void clitk::ExtractMediastinalVesselsGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  84 {
  85   // Reading input
  86   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  87
  88   // Create filter
  89   typedef clitk::ExtractMediastinalVesselsFilter<ImageType> FilterType;
  90   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  91
  92   // Set global Options
  93   filter->SetInput(input);
  94   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
  95
  96   // Go !
  97   filter->Update();
  98
  99   // Write/Save results
 100   for(uint i=0; i<filter->GetNumberOfOutputs(); i++) {
 101     typedef uchar MaskImagePixelType;
 102     typedef itk::Image<MaskImagePixelType, 3> OutputImageType;
 103     typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput(i);
 104     this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 105   }
 106 }
 107 //--------------------------------------------------------------------
 108
 109 #endif //#define CLITKEXTRACTLYMPHSTATIONSSGENERICFILTER_TXX