]> Creatis software - clitk.git/blob - segmentation/clitkExtractMediastinum.ggo
remove unused
[clitk.git] / segmentation / clitkExtractMediastinum.ggo
1 #File clitkExtractMediastinum.ggo
2 package "clitkExtractMediastinum"
3 version "1.0"
4 purpose "Extract mediastinum with help of patient/lungs/bones mask"
5
6 option "config"         -  "Config file"                  string        no
7 option "imagetypes"     -  "Display allowed image types"  flag          off
8 option "verbose"        v  "Verbose"                      flag          off
9 option "verboseStep"    -  "Verbose each step"            flag          off
10 option "writeStep"      w  "Write image at each step"     flag          off
11 option "verboseOption"  -  "Display options values"       flag          off
12 option "verboseWarningOff" -  "Do not display warning"    flag          off
13
14 section "I/O"
15
16 option "patient"       p        "Input patient mask filename"     string        yes
17 option "patientBG"     -        "Patient Background"              int           default="0" no
18 option "bones"         b        "Input bones mask filename"       string        yes
19 option "bonesBG"       -        "Bones Background"                int           default="0" no
20 option "lung"          l        "Input lung mask filename"        string        yes
21 option "lungBG"        -        "Lung Background"                 int           default="0" no
22 option "lungLeft"      -        "Lung Left value"                 int           default="1" no
23 option "lungRight"     -        "Lung Right value"                int           default="2" no
24 option "trachea"       t        "Input trachea mask filename"     string        yes
25 option "tracheaBG"     -        "Trachea Background"              int           default="0" no
26 option "afdb"          a        "Input Anatomical Feature DB"     string        no
27
28 option "output"        o        "Output lungs mask filename"      string        yes
29
30 section "Step 1 : Left/Right limits with lungs"
31 option "spacing"     -  "Intermediate resampling spacing"         double no default="6"
32 option "fuzzy1"      -  "Fuzzy relative position threshold"       double no default="0.4"
33
34 section "Step 2 : Ant/Post limits with bones"
35 option "fuzzy2"      -  "Fuzzy relative position threshold"       double no default="0.6"
36
37 section "Step 3 : Inf limits with Lung"
38 option "fuzzy3"      -  "Fuzzy relative position threshold"       double no default="0.2"