segmentation/clitkExtractMediastinum.ggo

   1 #File clitkExtractMediastinum.ggo
   2 package "clitkExtractMediastinum"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Extract mediastinum with help of patient/lungs/bones mask"
   5
   6 option "config"         -  "Config file"                  string        no
   7 option "imagetypes"     -  "Display allowed image types"  flag          off
   8 option "verbose"        v  "Verbose"                      flag          off
   9 option "verboseStep"    -  "Verbose each step"            flag          off
  10 option "writeStep"      w  "Write image at each step"     flag          off
  11 option "verboseOption"  -  "Display options values"       flag          off
  12 option "verboseWarningOff" -  "Do not display warning"    flag          off
  13
  14 section "I/O"
  15
  16 option "patient"       p        "Input patient mask filename"     string        yes
  17 option "patientBG"     -        "Patient Background"              int           default="0" no
  18 option "bones"         b        "Input bones mask filename"       string        yes
  19 option "bonesBG"       -        "Bones Background"                int           default="0" no
  20 option "lung"          l        "Input lung mask filename"        string        yes
  21 option "lungBG"        -        "Lung Background"                 int           default="0" no
  22 option "lungLeft"      -        "Lung Left value"                 int           default="1" no
  23 option "lungRight"     -        "Lung Right value"                int           default="2" no
  24 option "trachea"       t        "Input trachea mask filename"     string        yes
  25 option "tracheaBG"     -        "Trachea Background"              int           default="0" no
  26 option "afdb"          a        "Input Anatomical Feature DB"     string        no
  27
  28 option "output"        o        "Output lungs mask filename"      string        yes
  29
  30 section "Step 1 : Left/Right limits with lungs"
  31 option "spacing"     -  "Intermediate resampling spacing"         double no default="6"
  32 option "fuzzy1"      -  "Fuzzy relative position threshold"       double no default="0.4"
  33
  34 section "Step 2 : Ant/Post limits with bones"
  35 option "fuzzy2"      -  "Fuzzy relative position threshold"       double no default="0.6"
  36
  37 section "Step 3 : Inf limits with Lung"
  38 option "fuzzy3"      -  "Fuzzy relative position threshold"       double no default="0.2"