segmentation/clitkExtractMediastinumFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTMEDIASTINUMFILTER_H
  20 #define CLITKEXTRACTMEDIASTINUMFILTER_H
  21
  22 #include "clitkFilterBase.h"
  23 #include "clitkFilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement.h"
  24
  25 namespace clitk {
  26
  27   //--------------------------------------------------------------------
  28   /*
  29     Try to extract the mediastinum part of a thorax CT.
  30     Inputs :
  31     - Patient label image
  32     - Lungs label image
  33     - Bones label image
  34     - Trachea label image
  35   */
  36   //--------------------------------------------------------------------
  37
  38   template <class TImageType>
  39   class ITK_EXPORT ExtractMediastinumFilter:
  40     public virtual clitk::FilterBase,
  41     public clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement,
  42     public itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType>
  43   {
  44
  45   public:
  46     /** Standard class typedefs. */
  47     typedef itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType> Superclass;
  48     typedef ExtractMediastinumFilter            Self;
  49     typedef itk::SmartPointer<Self>             Pointer;
  50     typedef itk::SmartPointer<const Self>       ConstPointer;
  51
  52     /** Method for creation through the object factory. */
  53     itkNewMacro(Self);
  54
  55     /** Run-time type information (and related methods). */
  56     itkTypeMacro(ExtractMediastinumFilter, InPlaceImageFilter);
  57     FILTERBASE_INIT;
  58
  59     /** Some convenient typedefs. */
  60     typedef TImageType                       ImageType;
  61     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  62     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  63     typedef typename ImageType::RegionType   ImageRegionType;
  64     typedef typename ImageType::PixelType    ImagePixelType;
  65     typedef typename ImageType::SizeType     ImageSizeType;
  66     typedef typename ImageType::IndexType    ImageIndexType;
  67     typedef typename ImageType::PointType    ImagePointType;
  68
  69     /** Connect inputs */
  70     void SetInputPatientLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0);
  71     void SetInputLungLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0,
  72                                  ImagePixelType fgLeftLung=1, ImagePixelType fgRightLung=2);
  73     void SetInputBonesLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0);
  74     void SetInputTracheaLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0);
  75
  76     /** ImageDimension constants */
  77     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, TImageType::ImageDimension);
  78
  79     // Set all options at a time
  80     template<class ArgsInfoType>
  81       void SetArgsInfo(ArgsInfoType arg);
  82
  83     // Background / Foreground
  84     itkSetMacro(BackgroundValuePatient, ImagePixelType);
  85     itkGetConstMacro(BackgroundValuePatient, ImagePixelType);
  86     GGO_DefineOption(patientBG, SetBackgroundValuePatient, ImagePixelType);
  87
  88     itkSetMacro(BackgroundValueLung, ImagePixelType);
  89     itkGetConstMacro(BackgroundValueLung, ImagePixelType);
  90     GGO_DefineOption(lungBG, SetBackgroundValueLung, ImagePixelType);
  91
  92     itkSetMacro(BackgroundValueBones, ImagePixelType);
  93     itkGetConstMacro(BackgroundValueBones, ImagePixelType);
  94     GGO_DefineOption(bonesBG, SetBackgroundValueBones, ImagePixelType);
  95
  96     itkGetConstMacro(BackgroundValue, ImagePixelType);
  97     itkGetConstMacro(ForegroundValue, ImagePixelType);
  98
  99     itkSetMacro(ForegroundValueLeftLung, ImagePixelType);
 100     itkGetConstMacro(ForegroundValueLeftLung, ImagePixelType);
 101     GGO_DefineOption(lungLeft, SetForegroundValueLeftLung, ImagePixelType);
 102
 103     itkSetMacro(ForegroundValueRightLung, ImagePixelType);
 104     itkGetConstMacro(ForegroundValueRightLung, ImagePixelType);
 105     GGO_DefineOption(lungRight, SetForegroundValueRightLung, ImagePixelType);
 106
 107     itkSetMacro(BackgroundValueTrachea, ImagePixelType);
 108     itkGetConstMacro(BackgroundValueTrachea, ImagePixelType);
 109     GGO_DefineOption(lungBG, SetBackgroundValueTrachea, ImagePixelType);
 110
 111     itkSetMacro(IntermediateSpacing, double);
 112     itkGetConstMacro(IntermediateSpacing, double);
 113     GGO_DefineOption(spacing, SetIntermediateSpacing, double);
 114
 115     itkSetMacro(FuzzyThreshold1, double);
 116     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold1, double);
 117     GGO_DefineOption(fuzzy1, SetFuzzyThreshold1, double);
 118
 119     itkSetMacro(FuzzyThreshold2, double);
 120     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold2, double);
 121     GGO_DefineOption(fuzzy2, SetFuzzyThreshold2, double);
 122
 123     itkSetMacro(FuzzyThreshold3, double);
 124     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold3, double);
 125     GGO_DefineOption(fuzzy3, SetFuzzyThreshold3, double);
 126
 127   protected:
 128     ExtractMediastinumFilter();
 129     virtual ~ExtractMediastinumFilter() {}
 130
 131     virtual void GenerateOutputInformation();
 132     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 133     virtual void GenerateData();
 134
 135     itkSetMacro(BackgroundValue, ImagePixelType);
 136     itkSetMacro(ForegroundValue, ImagePixelType);
 137
 138     ImagePixelType m_BackgroundValuePatient;
 139     ImagePixelType m_BackgroundValueLung;
 140     ImagePixelType m_BackgroundValueBones;
 141     ImagePixelType m_BackgroundValueTrachea;
 142     ImagePixelType m_ForegroundValueLeftLung;
 143     ImagePixelType m_ForegroundValueRightLung;
 144
 145     ImagePixelType m_BackgroundValue;
 146     ImagePixelType m_ForegroundValue;
 147
 148     double m_IntermediateSpacing;
 149     double m_FuzzyThreshold1;
 150     double m_FuzzyThreshold2;
 151     double m_FuzzyThreshold3;
 152
 153   private:
 154     ExtractMediastinumFilter(const Self&); //purposely not implemented
 155     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 156
 157   }; // end class
 158   //--------------------------------------------------------------------
 159
 160 } // end namespace clitk
 161 //--------------------------------------------------------------------
 162
 163 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 164 #include "clitkExtractMediastinumFilter.txx"
 165 #endif
 166
 167 #endif