segmentation/clitkExtractMediastinumFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTMEDIASTINUMFILTER_H
  20 #define CLITKEXTRACTMEDIASTINUMFILTER_H
  21
  22 #include "clitkFilterBase.h"
  23
  24 namespace clitk {
  25
  26   //--------------------------------------------------------------------
  27   /*
  28     Try to extract the mediastinum part of a thorax CT.
  29     Inputs :
  30     - Patient label image
  31     - Lungs label image
  32     - Bones label image
  33     - Trachea label image
  34   */
  35   //--------------------------------------------------------------------
  36
  37   template <class TImageType>
  38   class ITK_EXPORT ExtractMediastinumFilter:
  39     public clitk::FilterBase,
  40     public itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType>
  41   {
  42
  43   public:
  44     /** Standard class typedefs. */
  45     typedef itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType> Superclass;
  46     typedef ExtractMediastinumFilter            Self;
  47     typedef itk::SmartPointer<Self>             Pointer;
  48     typedef itk::SmartPointer<const Self>       ConstPointer;
  49
  50     /** Method for creation through the object factory. */
  51     itkNewMacro(Self);
  52
  53     /** Run-time type information (and related methods). */
  54     itkTypeMacro(ExtractMediastinumFilter, InPlaceImageFilter);
  55     FILTERBASE_INIT;
  56
  57     /** Some convenient typedefs. */
  58     typedef TImageType                       ImageType;
  59     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  60     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  61     typedef typename ImageType::RegionType   ImageRegionType;
  62     typedef typename ImageType::PixelType    ImagePixelType;
  63     typedef typename ImageType::SizeType     ImageSizeType;
  64     typedef typename ImageType::IndexType    ImageIndexType;
  65     typedef typename ImageType::PointType    ImagePointType;
  66
  67     /** Connect inputs */
  68     void SetInputPatientLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0);
  69     void SetInputLungLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0,
  70                                  ImagePixelType fgLeftLung=1, ImagePixelType fgRightLung=2);
  71     void SetInputBonesLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0);
  72     void SetInputTracheaLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0);
  73
  74     /** ImageDimension constants */
  75     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, TImageType::ImageDimension);
  76
  77     // Set all options at a time
  78     template<class ArgsInfoType>
  79       void SetArgsInfo(ArgsInfoType arg);
  80
  81     // Background / Foreground
  82     itkSetMacro(BackgroundValuePatient, ImagePixelType);
  83     itkGetConstMacro(BackgroundValuePatient, ImagePixelType);
  84     GGO_DefineOption(patientBG, SetBackgroundValuePatient, ImagePixelType);
  85
  86     itkSetMacro(BackgroundValueLung, ImagePixelType);
  87     itkGetConstMacro(BackgroundValueLung, ImagePixelType);
  88     GGO_DefineOption(lungBG, SetBackgroundValueLung, ImagePixelType);
  89
  90     itkSetMacro(BackgroundValueBones, ImagePixelType);
  91     itkGetConstMacro(BackgroundValueBones, ImagePixelType);
  92     GGO_DefineOption(bonesBG, SetBackgroundValueBones, ImagePixelType);
  93
  94     itkGetConstMacro(BackgroundValue, ImagePixelType);
  95     itkGetConstMacro(ForegroundValue, ImagePixelType);
  96
  97     itkSetMacro(ForegroundValueLeftLung, ImagePixelType);
  98     itkGetConstMacro(ForegroundValueLeftLung, ImagePixelType);
  99     GGO_DefineOption(lungLeft, SetForegroundValueLeftLung, ImagePixelType);
 100
 101     itkSetMacro(ForegroundValueRightLung, ImagePixelType);
 102     itkGetConstMacro(ForegroundValueRightLung, ImagePixelType);
 103     GGO_DefineOption(lungRight, SetForegroundValueRightLung, ImagePixelType);
 104
 105     itkSetMacro(BackgroundValueTrachea, ImagePixelType);
 106     itkGetConstMacro(BackgroundValueTrachea, ImagePixelType);
 107     GGO_DefineOption(lungBG, SetBackgroundValueTrachea, ImagePixelType);
 108
 109     itkSetMacro(IntermediateSpacing, double);
 110     itkGetConstMacro(IntermediateSpacing, double);
 111     GGO_DefineOption(spacing, SetIntermediateSpacing, double);
 112
 113     itkSetMacro(FuzzyThreshold1, double);
 114     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold1, double);
 115     GGO_DefineOption(fuzzy1, SetFuzzyThreshold1, double);
 116
 117     itkSetMacro(FuzzyThreshold2, double);
 118     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold2, double);
 119     GGO_DefineOption(fuzzy2, SetFuzzyThreshold2, double);
 120
 121   protected:
 122     ExtractMediastinumFilter();
 123     virtual ~ExtractMediastinumFilter() {}
 124
 125     virtual void GenerateOutputInformation();
 126     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 127     virtual void GenerateData();
 128
 129     itkSetMacro(BackgroundValue, ImagePixelType);
 130     itkSetMacro(ForegroundValue, ImagePixelType);
 131
 132     ImagePixelType m_BackgroundValuePatient;
 133     ImagePixelType m_BackgroundValueLung;
 134     ImagePixelType m_BackgroundValueBones;
 135     ImagePixelType m_BackgroundValueTrachea;
 136     ImagePixelType m_ForegroundValueLeftLung;
 137     ImagePixelType m_ForegroundValueRightLung;
 138
 139     ImagePixelType m_BackgroundValue;
 140     ImagePixelType m_ForegroundValue;
 141
 142     double m_IntermediateSpacing;
 143     double m_FuzzyThreshold1;
 144     double m_FuzzyThreshold2;
 145
 146   private:
 147     ExtractMediastinumFilter(const Self&); //purposely not implemented
 148     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 149
 150   }; // end class
 151   //--------------------------------------------------------------------
 152
 153 } // end namespace clitk
 154 //--------------------------------------------------------------------
 155
 156 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 157 #include "clitkExtractMediastinumFilter.txx"
 158 #endif
 159
 160 #endif