segmentation/clitkExtractMediastinumFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTMEDIASTINUMFILTER_H
  20 #define CLITKEXTRACTMEDIASTINUMFILTER_H
  21
  22 #include "clitkFilterBase.h"
  23
  24 namespace clitk {
  25
  26   //--------------------------------------------------------------------
  27   /*
  28     Try to extract the mediastinum part of a thorax CT.
  29     Inputs :
  30     - Patient label image
  31     - Lungs label image
  32     - Bones label image
  33   */
  34   //--------------------------------------------------------------------
  35
  36   template <class TImageType>
  37   class ITK_EXPORT ExtractMediastinumFilter:
  38     public clitk::FilterBase,
  39     public itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType>
  40   {
  41
  42   public:
  43     /** Standard class typedefs. */
  44     typedef itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType> Superclass;
  45     typedef ExtractMediastinumFilter            Self;
  46     typedef itk::SmartPointer<Self>             Pointer;
  47     typedef itk::SmartPointer<const Self>       ConstPointer;
  48
  49     /** Method for creation through the object factory. */
  50     itkNewMacro(Self);
  51
  52     /** Run-time type information (and related methods). */
  53     itkTypeMacro(ExtractMediastinumFilter, InPlaceImageFilter);
  54     FILTERBASE_INIT;
  55
  56     /** Some convenient typedefs. */
  57     typedef TImageType                       ImageType;
  58     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  59     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  60     typedef typename ImageType::RegionType   ImageRegionType;
  61     typedef typename ImageType::PixelType    ImagePixelType;
  62     typedef typename ImageType::SizeType     ImageSizeType;
  63     typedef typename ImageType::IndexType    ImageIndexType;
  64
  65     /** Connect inputs */
  66     void SetInputPatientLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0);
  67     void SetInputLungLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0,
  68                                  ImagePixelType fgLeftLung=1, ImagePixelType fgRightLung=2);
  69     void SetInputBonesLabelImage(const TImageType * image, ImagePixelType bg=0);
  70
  71     /** ImageDimension constants */
  72     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, TImageType::ImageDimension);
  73
  74     // Set all options at a time
  75     template<class ArgsInfoType>
  76       void SetArgsInfo(ArgsInfoType arg);
  77
  78     // Background / Foreground
  79     itkSetMacro(BackgroundValuePatient, ImagePixelType);
  80     itkGetConstMacro(BackgroundValuePatient, ImagePixelType);
  81     GGO_DefineOption(patientBG, SetBackgroundValuePatient, ImagePixelType);
  82
  83     itkSetMacro(BackgroundValueLung, ImagePixelType);
  84     itkGetConstMacro(BackgroundValueLung, ImagePixelType);
  85     GGO_DefineOption(lungBG, SetBackgroundValueLung, ImagePixelType);
  86
  87     itkSetMacro(BackgroundValueBones, ImagePixelType);
  88     itkGetConstMacro(BackgroundValueBones, ImagePixelType);
  89     GGO_DefineOption(bonesBG, SetBackgroundValueBones, ImagePixelType);
  90
  91     itkGetConstMacro(BackgroundValue, ImagePixelType);
  92     itkGetConstMacro(ForegroundValue, ImagePixelType);
  93
  94     itkSetMacro(ForegroundValueLeftLung, ImagePixelType);
  95     itkGetConstMacro(ForegroundValueLeftLung, ImagePixelType);
  96     GGO_DefineOption(lungLeft, SetForegroundValueLeftLung, ImagePixelType);
  97
  98     itkSetMacro(ForegroundValueRightLung, ImagePixelType);
  99     itkGetConstMacro(ForegroundValueRightLung, ImagePixelType);
 100     GGO_DefineOption(lungRight, SetForegroundValueRightLung, ImagePixelType);
 101
 102     itkSetMacro(IntermediateSpacing, double);
 103     itkGetConstMacro(IntermediateSpacing, double);
 104     GGO_DefineOption(spacing, SetIntermediateSpacing, double);
 105
 106     itkSetMacro(FuzzyThreshold1, double);
 107     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold1, double);
 108     GGO_DefineOption(fuzzy1, SetFuzzyThreshold1, double);
 109
 110     itkSetMacro(FuzzyThreshold2, double);
 111     itkGetConstMacro(FuzzyThreshold2, double);
 112     GGO_DefineOption(fuzzy2, SetFuzzyThreshold2, double);
 113
 114   protected:
 115     ExtractMediastinumFilter();
 116     virtual ~ExtractMediastinumFilter() {}
 117
 118     virtual void GenerateOutputInformation();
 119     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 120     virtual void GenerateData();
 121
 122     itkSetMacro(BackgroundValue, ImagePixelType);
 123     itkSetMacro(ForegroundValue, ImagePixelType);
 124
 125     ImagePixelType m_BackgroundValuePatient;
 126     ImagePixelType m_BackgroundValueLung;
 127     ImagePixelType m_BackgroundValueBones;
 128     ImagePixelType m_ForegroundValueLeftLung;
 129     ImagePixelType m_ForegroundValueRightLung;
 130
 131     ImagePixelType m_BackgroundValue;
 132     ImagePixelType m_ForegroundValue;
 133
 134     double m_IntermediateSpacing;
 135     double m_FuzzyThreshold1;
 136     double m_FuzzyThreshold2;
 137
 138   private:
 139     ExtractMediastinumFilter(const Self&); //purposely not implemented
 140     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 141
 142   }; // end class
 143   //--------------------------------------------------------------------
 144
 145 } // end namespace clitk
 146 //--------------------------------------------------------------------
 147
 148 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 149 #include "clitkExtractMediastinumFilter.txx"
 150 #endif
 151
 152 #endif