segmentation/clitkExtractPatient.ggo

   1 #File clitkExtractPatient.ggo
   2 package "clitkExtractPatient"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Prefer high resolution input and resample (NN) output at the end (like). Input is binarized using initial thresholds, connected components are labeled (firstLabel). The air label (1) is removed. The remaining is binarized and relabeled, patient should now be the principal label (secondLabel). Two mechanismes are provided to influence the label images. Crop to reduce connectivity (image is restored to original size), eg for SBF. Decomposition through ersion and reconstruction through dilation (slow), eg for Pulmo bellows. Choose which labels to keep from second Label image. Final mask is cleaned by opening and closing."
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   6 option "config"         -  "Config file"                  string        no
   7 option "imagetypes"     -  "Display allowed image types"  flag          off
   8 option "verbose"        v  "Verbose"                      flag          off
   9 option "verboseStep"    -  "Verbose each step"            flag          off
  10 option "writeStep"      w  "Write image at each step"     flag          off
  11 option "verboseOption"  -  "Display options values"       flag          off
  12 option "verboseWarningOff" -  "Do not display warning"    flag          off
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  14 section "I/O"
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  16 option "input"          i       "Input image filename"            string        yes
  17 option "output"         o       "Output image filename"           string        yes
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  19 section "Binarize"
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  21 option "lower"          -       "Initial lower threshold"       double          no
  22 option "upper"          -       "Initial upper threshold"       double          no      default="-300"
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  24 section "First Label Image (air=1)"
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  26 option "erode1"          -      "Decompose through erosion"             flag            off
  27 option "radius1"         -      "Radius for erosion and dilation"       int             multiple        no      default="1"
  28 option "new1"            -      "Number of new labels"                  int             no      default="1"
  29 option "max1"            -      "Max number of labels to consider"      int             no      default="2"
  30
  31 section "Second Label Image (air=1)"
  32
  33 option "erode2"          -      "Decompose through erosion"             flag            off
  34 option "radius2"         -      "Radius for erosion and dilation"       int             multiple        no      default="1"
  35 option "new2"            -      "Number of new labels"                  int             no      default="1"
  36 option "max2"            -      "Max number of labels to consider"      int             no      default="2"
  37 # option "crop"         -       "Crop the first label image"            flag    off
  38 # option "boundingBox"          b       "Bounding box of the crop region (minX,maxX,...)" int   no  multiple
  39 # option "lowerS"       -       "Size of the lower crop region"   int   no  multiple
  40 # option "upperS"       -       "Size of the upper crop region"   int   no  multiple
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  42 section "Labels to keep (air=1)"
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  44 option  "firstKeep"     -               "First label to keep"                   int     no      default="1"
  45 option  "lastKeep"      -               "Last label to keep"                    int     no      default="1"
  46 option  "remove"        -               "Labels to remove"                      int     no      multiple
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  48 section "Clean-up"
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  50 option "openClose"      -       "Perform morphological opening and closing with unit radius"    flag    on
  51 option "autoCrop"       -       "Crop final mask to BoundingBox"                                flag    off
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