segmentation/clitkExtractPatient.ggo

   1 #File clitkExtractPatient.ggo
   2 package "clitkExtractPatient"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Input is binarized using initial thresholds, connected components are labeled (firstLabel). The air label (1) is removed. The remaining is binarized and relabeled, patient should now be the principal label (secondLabel). Two mechanismes are provided to influence the label images. Crop to reduce connectivity (image is restored to original size), eg for SBF. Decomposition through erosion and reconstruction through dilation (slow), eg for Pulmo bellows. Choose which labels to keep from second Label image. Final mask is cleaned by opening and closing.
   5 The image is padded first with air. If lungs are touching the border (so the air), set openingRadius to 1 in order to have lungs segmented inside the patient"
   6
   7 option "config"         -  "Config file"                  string        no
   8 option "imagetypes"     -  "Display allowed image types"  flag          off
   9 option "verbose"        v  "Verbose"                      flag          off
  10 option "verboseStep"    -  "Verbose each step"            flag          off
  11 option "writeStep"      w  "Write image at each step"     flag          off
  12 option "verboseOption"  -  "Display options values"       flag          off
  13 option "verboseWarningOff" -  "Do not display warning"    flag          off
  14 option "verboseMemory"  -  "Display memory usage"         flag          off
  15
  16 section "I/O"
  17
  18 option "input"   i      "Input image filename"               string  yes
  19 option "afdb"    a      "Output Anatomical Feature in a DB"  string  no
  20 option "output"  o      "Output image filename"              string  yes
  21
  22 section "Binarize"
  23
  24 option "lower"          -       "Initial lower threshold"       double          no
  25 option "upper"          -       "Initial upper threshold"       double          no      default="-300"
  26 option "openingRadius"    - "Radius for opening after threshold"  int no  default="0"
  27
  28 section "First Label Image (air=1)"
  29
  30 option "erode1"          -      "Decompose through erosion"             flag            off
  31 option "radius1"         -      "Radius for erosion and dilation"       int             multiple        no      default="1"
  32 option "new1"            -      "Number of new labels"                  int             no      default="1"
  33 option "max1"            -      "Max number of labels to consider"      int             no      default="2"
  34
  35 section "Second Label Image (air=1)"
  36
  37 option "erode2"          -      "Decompose through erosion"             flag            off
  38 option "radius2"         -      "Radius for erosion and dilation"       int             multiple        no      default="1"
  39 option "new2"            -      "Number of new labels"                  int             no      default="1"
  40 option "max2"            -      "Max number of labels to consider"      int             no      default="2"
  41 # option "crop"         -       "Crop the first label image"            flag    off
  42 # option "boundingBox"          b       "Bounding box of the crop region (minX,maxX,...)" int   no  multiple
  43 # option "lowerS"       -       "Size of the lower crop region"   int   no  multiple
  44 # option "upperS"       -       "Size of the upper crop region"   int   no  multiple
  45
  46 section "Labels to keep (air=1)"
  47
  48 option  "firstKeep"     -               "First label to keep"                   int     no      default="1"
  49 option  "lastKeep"      -               "Last label to keep"                    int     no      default="1"
  50 option  "remove"        -               "Labels to remove"                      int     no      multiple
  51
  52 section "Clean-up"
  53
  54 option "openClose"      -       "Perform morphological opening and closing with unit radius"    flag    off
  55 option "noAutoCrop"     -       "If set : do no crop final mask to BoundingBox"                         flag    off
  56
  57