segmentation/clitkExtractPatientGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #include "clitkImageCommon.h"
  20
  21 //--------------------------------------------------------------------
  22 template<class ArgsInfoType>
  23 clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractPatientGenericFilter():
  24   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractPatient")
  25 {
  26   // Default values
  27   cmdline_parser_clitkExtractPatient_init(&mArgsInfo);
  28   InitializeImageType<3>();
  29 }
  30 //--------------------------------------------------------------------
  31
  32
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34 template<class ArgsInfoType>
  35 template<unsigned int Dim>
  36 void clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  37 {
  38   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  39   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  40   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 template<class ArgsInfoType>
  47 void clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  48 {
  49   mArgsInfo=a;
  50   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  51   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  52   if (mArgsInfo.input_given)  SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  53   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  54 }
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56
  57
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61 template<class ArgsInfoType>
  62 template<class ImageType>
  63 void clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  64 {
  65   // Output image type
  66   typedef itk::Image<uchar, ImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  67
  68   // Reading input
  69   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  70
  71   // Create filter
  72   typedef clitk::ExtractPatientFilter<ImageType, OutputImageType> FilterType;
  73   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  74
  75   // Set global Options
  76   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
  77   filter->SetInput(input);
  78
  79   // Go !
  80   filter->Update();
  81
  82   // Check if error
  83   if (filter->HasError()) {
  84     SetLastError(filter->GetLastError());
  85     // No output
  86     return;
  87   }
  88
  89   // Write/Save results
  90   typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
  91   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
  92 }
  93 //--------------------------------------------------------------------
  94
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