segmentation/clitkExtractPatientGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #include "clitkImageCommon.h"
  20
  21 //--------------------------------------------------------------------
  22 template<class ArgsInfoType>
  23 clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractPatientGenericFilter():
  24   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractPatient")
  25 {
  26   // Default values
  27   cmdline_parser_clitkExtractPatient_init(&mArgsInfo);
  28   InitializeImageType<3>();
  29 }
  30 //--------------------------------------------------------------------
  31
  32
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34 template<class ArgsInfoType>
  35 template<unsigned int Dim>
  36 void clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  37 {
  38   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  39   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  40   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 template<class ArgsInfoType>
  47 void clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  48 {
  49   mArgsInfo=a;
  50   this->SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  51   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  52   if (mArgsInfo.input_given)  this->SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  53   if (mArgsInfo.output_given)  this->AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  54 }
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56
  57
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59 template<class ArgsInfoType>
  60 template<class FilterType>
  61 void
  62 clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::
  63 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  64 {
  65   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  66   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  67   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  68   f->SetVerboseWarningFlag(!mArgsInfo.verboseWarningOff_flag);
  69   f->SetVerboseMemoryFlag(mArgsInfo.verboseMemory_flag);
  70
  71   if (mArgsInfo.afdb_given)
  72     f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  73
  74   f->SetOutputPatientFilename(mArgsInfo.output_arg);
  75
  76   f->SetUpperThreshold(mArgsInfo.upper_arg);
  77   f->SetLowerThreshold(mArgsInfo.lower_arg);
  78   f->SetPrimaryOpeningRadius(mArgsInfo.openingRadius_arg);
  79
  80   f->SetDecomposeAndReconstructDuringFirstStep(mArgsInfo.erode1_flag);
  81
  82   // Convert to SizeType
  83   typename FilterType::InputImageSizeType s;
  84   if (mArgsInfo.radius1_given) {
  85     ConvertOptionMacro(mArgsInfo.radius1, s, 3, false);
  86     f->SetRadius1(s);
  87   }
  88
  89   f->SetMaximumNumberOfLabels1(mArgsInfo.max1_arg);
  90   f->SetNumberOfNewLabels1(mArgsInfo.new1_arg);
  91
  92   f->SetDecomposeAndReconstructDuringSecondStep(mArgsInfo.erode2_flag);
  93
  94   // Convert to SizeType
  95   if (mArgsInfo.radius2_given) {
  96     ConvertOptionMacro(mArgsInfo.radius2, s, 3, false);
  97     f->SetRadius2(s);
  98   }
  99
 100   f->SetMaximumNumberOfLabels2(mArgsInfo.max2_arg);
 101   f->SetNumberOfNewLabels2(mArgsInfo.new2_arg);
 102
 103   f->SetFirstKeep(mArgsInfo.firstKeep_arg);
 104   f->SetLastKeep(mArgsInfo.lastKeep_arg);
 105
 106   f->SetFinalOpenClose(mArgsInfo.openClose_flag);
 107   f->SetAutoCrop(!mArgsInfo.noAutoCrop_flag);
 108 }
 109 //--------------------------------------------------------------------
 110
 111
 112 //--------------------------------------------------------------------
 113 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 114 //--------------------------------------------------------------------
 115 template<class ArgsInfoType>
 116 template<class ImageType>
 117 void clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
 118 {
 119   // Output image type
 120   typedef itk::Image<uchar, ImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 121
 122   // Reading input
 123   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 124
 125   // Create filter
 126   typedef clitk::ExtractPatientFilter<ImageType> FilterType;
 127   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 128
 129   // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
 130   this->SetFilterBase(filter);
 131
 132   // Set global Options
 133   filter->SetInput(input);
 134   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 135
 136   // Go !
 137   filter->Update();
 138
 139   // Write/Save results
 140   typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 141   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 142 }
 143 //--------------------------------------------------------------------
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