segmentation/clitkExtractPatientGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #include "clitkImageCommon.h"
  20
  21 //--------------------------------------------------------------------
  22 template<class ArgsInfoType>
  23 clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractPatientGenericFilter():
  24   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractPatient")
  25 {
  26   // Default values
  27   cmdline_parser_clitkExtractPatient_init(&mArgsInfo);
  28   InitializeImageType<3>();
  29 }
  30 //--------------------------------------------------------------------
  31
  32
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34 template<class ArgsInfoType>
  35 template<unsigned int Dim>
  36 void clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  37 {
  38   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  39   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, unsigned short);
  40   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  41   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  42   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  43 }
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45
  46
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48 template<class ArgsInfoType>
  49 void clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  50 {
  51   mArgsInfo=a;
  52   this->SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  53   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  54   if (mArgsInfo.input_given)  this->SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  55   if (mArgsInfo.output_given)  this->AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  56 }
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58
  59
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61 template<class ArgsInfoType>
  62 template<class FilterType>
  63 void
  64 clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::
  65 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  66 {
  67   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  68   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  69   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  70   f->SetVerboseWarningFlag(!mArgsInfo.verboseWarningOff_flag);
  71   f->SetVerboseMemoryFlag(mArgsInfo.verboseMemory_flag);
  72
  73   if (mArgsInfo.afdb_given)
  74     f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  75
  76   f->SetOutputPatientFilename(mArgsInfo.output_arg);
  77
  78   f->SetUpperThreshold(mArgsInfo.upper_arg);
  79   f->SetLowerThreshold(mArgsInfo.lower_arg);
  80   f->SetPrimaryOpeningRadius(mArgsInfo.openingRadius_arg);
  81
  82   f->SetDecomposeAndReconstructDuringFirstStep(mArgsInfo.erode1_flag);
  83
  84   // Convert to SizeType
  85   typename FilterType::InputImageSizeType s;
  86   if (mArgsInfo.radius1_given) {
  87     ConvertOptionMacro(mArgsInfo.radius1, s, 3, false);
  88     f->SetRadius1(s);
  89   }
  90
  91   f->SetMaximumNumberOfLabels1(mArgsInfo.max1_arg);
  92   f->SetNumberOfNewLabels1(mArgsInfo.new1_arg);
  93
  94   f->SetDecomposeAndReconstructDuringSecondStep(mArgsInfo.erode2_flag);
  95
  96   // Convert to SizeType
  97   if (mArgsInfo.radius2_given) {
  98     ConvertOptionMacro(mArgsInfo.radius2, s, 3, false);
  99     f->SetRadius2(s);
 100   }
 101
 102   f->SetMaximumNumberOfLabels2(mArgsInfo.max2_arg);
 103   f->SetNumberOfNewLabels2(mArgsInfo.new2_arg);
 104
 105   f->SetFirstKeep(mArgsInfo.firstKeep_arg);
 106   f->SetLastKeep(mArgsInfo.lastKeep_arg);
 107
 108   f->SetFinalOpenClose(mArgsInfo.openClose_flag);
 109   f->SetAutoCrop(!mArgsInfo.noAutoCrop_flag);
 110 }
 111 //--------------------------------------------------------------------
 112
 113
 114 //--------------------------------------------------------------------
 115 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 116 //--------------------------------------------------------------------
 117 template<class ArgsInfoType>
 118 template<class ImageType>
 119 void clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
 120 {
 121   // Output image type
 122   typedef itk::Image<uchar, ImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 123
 124   // Reading input
 125   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 126
 127   // Create filter
 128   typedef clitk::ExtractPatientFilter<ImageType> FilterType;
 129   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 130
 131   // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
 132   this->SetFilterBase(filter);
 133
 134   // Set global Options
 135   filter->SetInput(input);
 136   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 137
 138   // Go !
 139   filter->Update();
 140
 141   // Write/Save results
 142   typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 143   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 144 }
 145 //--------------------------------------------------------------------
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