segmentation/clitkExtractPatientGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #include "clitkImageCommon.h"
  20
  21 //--------------------------------------------------------------------
  22 template<class ArgsInfoType>
  23 clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::ExtractPatientGenericFilter():
  24   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractPatient")
  25 {
  26   // Default values
  27   cmdline_parser_clitkExtractPatient_init(&mArgsInfo);
  28   InitializeImageType<3>();
  29 }
  30 //--------------------------------------------------------------------
  31
  32
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34 template<class ArgsInfoType>
  35 template<unsigned int Dim>
  36 void clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  37 {
  38   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  39   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  40   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 template<class ArgsInfoType>
  47 void clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  48 {
  49   mArgsInfo=a;
  50   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  51   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  52   if (mArgsInfo.input_given)  SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  53   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  54 }
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56
  57
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59 template<class ArgsInfoType>
  60 template<class FilterType>
  61 void
  62 clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::
  63 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  64 {
  65   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  66   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  67   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  68   f->SetVerboseWarningFlag(!mArgsInfo.verboseWarningOff_flag);
  69   f->SetVerboseMemoryFlag(mArgsInfo.verboseMemory_flag);
  70
  71   f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  72   f->SetOutputPatientFilename(mArgsInfo.output_arg);
  73
  74   f->SetUpperThreshold(mArgsInfo.upper_arg);
  75   f->SetLowerThreshold(mArgsInfo.lower_arg);
  76
  77   f->SetDecomposeAndReconstructDuringFirstStep(mArgsInfo.erode1_flag);
  78
  79   // Convert to SizeType
  80   typename FilterType::InputImageSizeType s;
  81   if (mArgsInfo.radius1_given) {
  82     ConvertOptionMacro(mArgsInfo.radius1, s, 3, false);
  83     f->SetRadius1(s);
  84   }
  85
  86   f->SetMaximumNumberOfLabels1(mArgsInfo.max1_arg);
  87   f->SetNumberOfNewLabels1(mArgsInfo.new1_arg);
  88
  89   f->SetDecomposeAndReconstructDuringSecondStep(mArgsInfo.erode2_flag);
  90
  91   // Convert to SizeType
  92   if (mArgsInfo.radius2_given) {
  93     ConvertOptionMacro(mArgsInfo.radius2, s, 3, false);
  94     f->SetRadius2(s);
  95   }
  96
  97   f->SetMaximumNumberOfLabels2(mArgsInfo.max2_arg);
  98   f->SetNumberOfNewLabels2(mArgsInfo.new2_arg);
  99
 100   f->SetFirstKeep(mArgsInfo.firstKeep_arg);
 101   f->SetLastKeep(mArgsInfo.lastKeep_arg);
 102
 103   f->SetFinalOpenClose(mArgsInfo.openClose_flag);
 104   f->SetAutoCrop(!mArgsInfo.noAutoCrop_flag);
 105 }
 106 //--------------------------------------------------------------------
 107
 108
 109 //--------------------------------------------------------------------
 110 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 111 //--------------------------------------------------------------------
 112 template<class ArgsInfoType>
 113 template<class ImageType>
 114 void clitk::ExtractPatientGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
 115 {
 116   // Output image type
 117   typedef itk::Image<uchar, ImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 118
 119   // Reading input
 120   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 121
 122   // Create filter
 123   typedef clitk::ExtractPatientFilter<ImageType> FilterType;
 124   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 125
 126   // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
 127   this->SetFilterBase(filter);
 128
 129   // Set global Options
 130   filter->SetInput(input);
 131   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 132
 133   // Go !
 134   filter->Update();
 135
 136   // Write/Save results
 137   typename OutputImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 138   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 139 }
 140 //--------------------------------------------------------------------
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