segmentation/clitkFillMaskFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKFILLMASKFILTER_H
  20 #define CLITKFILLMASKFILTER_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24
  25 //itk
  26 #include "itkLightObject.h"
  27 #include "itkJoinSeriesImageFilter.h"
  28 #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  29 #include "itkConnectedComponentImageFilter.h"
  30 #include "itkRelabelComponentImageFilter.h"
  31 #include "itkThresholdImageFilter.h"
  32 #include "itkPermuteAxesImageFilter.h"
  33 #include "itkExtractImageFilter.h"
  34 #include "itkCastImageFilter.h"
  35
  36 namespace clitk
  37 {
  38
  39   //--------------------------------------------------------------------
  40   template <class TImageType>
  41   class ITK_EXPORT FillMaskFilter:
  42     public itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType >
  43   {
  44   public:
  45     /** Standard class typedefs. */
  46     typedef itk::ImageToImageFilter<TImageType, TImageType> Superclass;
  47     typedef FillMaskFilter                 Self;
  48     typedef itk::SmartPointer<Self>        Pointer;
  49     typedef itk::SmartPointer<const Self>  ConstPointer;
  50
  51     /** Method for creation through the object factory */
  52     itkNewMacro(Self);
  53
  54     /**  Run-time type information (and related methods)*/
  55     itkTypeMacro(FillMaskFilter, ImageToImageFilter);
  56
  57     /** Some convenient typedefs */
  58     typedef TImageType                       ImageType;
  59     typedef typename ImageType::ConstPointer InputImageConstPointer;
  60     typedef typename ImageType::Pointer      InputImagePointer;
  61     typedef typename ImageType::RegionType   InputImageRegionType;
  62     typedef typename ImageType::PixelType    InputImagePixelType;
  63     typedef typename ImageType::SizeType     InputImageSizeType;
  64     typedef typename ImageType::IndexType    InputImageIndexType;
  65     typedef typename ImageType::PointType    InputImagePointType;
  66     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, ImageType::ImageDimension);
  67
  68     /** Options */
  69     void AddDirection(int dir);
  70     void ResetDirections();
  71     const std::vector<int> & GetDirections() const { return m_Directions; }
  72
  73     // Set all options at a time
  74     template<class ArgsInfoType> void SetOptionsFromArgsInfo(ArgsInfoType & arg);
  75     template<class ArgsInfoType> void SetOptionsToArgsInfo(ArgsInfoType & arg);
  76
  77   protected:
  78     FillMaskFilter();
  79     virtual ~FillMaskFilter() {};
  80
  81     // Main members
  82     InputImageConstPointer input;
  83     std::vector<int> m_Directions;
  84
  85    // Main function
  86     virtual void GenerateData();
  87
  88    private:
  89     FillMaskFilter(const Self&); //purposely not implemented
  90     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
  91
  92   }; // end class
  93   //--------------------------------------------------------------------
  94
  95 } // end namespace clitk
  96 //--------------------------------------------------------------------
  97
  98 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
  99 #include "clitkFillMaskFilter.txx"
 100 #endif
 101
 102 #endif