segmentation/clitkFillMaskGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKFILLMASKGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKFILLMASKGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::FillMaskGenericFilter<ArgsInfoType>::FillMaskGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("FillMask")
  28 {
  29   this->SetFilterBase(NULL);
  30   InitializeImageType<3>();
  31 }
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33
  34
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36 template<class ArgsInfoType>
  37 template<unsigned int Dim>
  38 void clitk::FillMaskGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  39 {
  40   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  41   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  42   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  43 }
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45
  46
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48 template<class ArgsInfoType>
  49 void clitk::FillMaskGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  50 {
  51   mArgsInfo=a;
  52   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  53   // if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  54   if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  55   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  56 }
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58
  59
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63 template<class ArgsInfoType>
  64 template<class ImageType>
  65 void clitk::FillMaskGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  66 {
  67   // Reading input
  68   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  69
  70   // Create filter
  71   typedef clitk::FillMaskFilter<ImageType> FilterType;
  72   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  73
  74   // Set Options
  75   filter->SetInput(input);
  76   filter->SetOptionsFromArgsInfo(mArgsInfo);
  77
  78   // Go !
  79   filter->Update();
  80
  81   // Write/Save results
  82   typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
  83   this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
  84 }
  85 //--------------------------------------------------------------------
  86
  87 #endif //#define CLITKFILLMASKGENERICFILTER_TXX