segmentation/clitkFilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
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  19 // clitk
  20 #include "clitkFilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement.h"
  21
  22 //--------------------------------------------------------------------
  23 clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement::
  24 FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement()
  25 {
  26   m_AFDB = NULL;
  27   SetAFDBFilename("default.afdb");
  28   SetAFDBPath("./");
  29   DisplayUsedStructuresOnlyFlagOff();
  30 }
  31 //--------------------------------------------------------------------
  32
  33
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35 void clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement::WriteAFDB()
  36 {
  37   GetAFDB()->SetFilename(GetAFDBFilename());
  38   GetAFDB()->Write();
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 void clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement::LoadAFDB()
  45 {
  46   GetAFDB()->SetFilename(GetAFDBFilename());
  47   GetAFDB()->SetPath(GetAFDBPath());
  48   try {
  49     GetAFDB()->Load();
  50   } catch (clitk::ExceptionObject e) {
  51     std::cout << "******* Could not read '" << GetAFDBFilename() << "', create one AFDB. ********" << std::endl;
  52     GetAFDB();
  53   }
  54 }
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56
  57
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59 clitk::AnatomicalFeatureDatabase::Pointer clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement::GetAFDB()
  60 {
  61   if (!m_AFDB) {
  62     m_AFDB = clitk::AnatomicalFeatureDatabase::New();
  63   }
  64   return m_AFDB;
  65 }
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67
  68
  69 //--------------------------------------------------------------------
  70 void clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement::
  71 AddUsedStructures(std::string station, std::string structure)
  72 {
  73   if (!GetDisplayUsedStructuresOnlyFlag()) return;
  74   std::cout << station << "\t" << structure;
  75   bool founded = true;
  76   bool tag = GetAFDB()->TagExist(structure);
  77   if (tag) {
  78     typedef itk::Image<uchar, 3> ImageType;
  79     founded = GetAFDB()->CheckImage<ImageType>(structure);
  80     if (!founded) {
  81       std::cout << " \t Image not exist in DB ";
  82       std::cout << "<" << GetAFDB()->GetTagValue(structure) << "> ";
  83     }
  84   }
  85   if (!tag) std::cout << " \t Tag not found in DB";
  86   std::cout << std::endl;
  87 }
  88 //--------------------------------------------------------------------