]> Creatis software - clitk.git/blob - segmentation/clitkLevelSetSegmentation.ggo
a hopefully better option parser for vv
[clitk.git] / segmentation / clitkLevelSetSegmentation.ggo
1 #File clitkLevelSetSegmentation.ggo
2 package "clitkLevelSetSegmentation"
3 version "1.0"
4 purpose "Perform a levelset segmentation. Standard preprocessing is available to create the feature image."
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6 option "config"         -       "Config file"                     string        no
7 option "verbose"        v       "Verbose"                         flag          off
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9 section "Input/Output"
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11 option "input"          i       "Input image filename"            string        yes
12 option "output"         o       "Output image filename"           string        yes
13 option "feature"        -       "Feature image (speed image: 0 at borders)"     string  no      
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16 section "Monitoring"
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18 option "monitorIt"      -       "Write an image every x iterations"     int     no      default="50"
19 option "monitorIm"      -       "Name of the monitoring image"          string  no
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22 section "Levelset parameter"
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24 option "GAC"            -       "Use Geodesic Active Contours (default)"        flag    off
25 option "levelSet"       -       "Output the level set image (unthresholded)"    string  no
26 option "propScale"      -       "Propagation scale"                             double  no      default="1.0"
27 option "curveScale"     -       "Curve scale"                                   double  no      default="1.0"
28 option "advectionScale" -       "Advection scale"                               double  no      default="1.0"
29 option "maxRMS"         -       "Max RMS error"                                 double  no      default="0.01"
30 option "iter"           -       "Max number of iterations"                      int     no      default="10"
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33 section "Feature preprocessing"
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35 option "smooth"         -       "Smooth feature image (Curvature Anisotropic Diffusion)"        flag    off
36 option "timeStep"       -       "Smoothing: time step"                          double  no      default="0.125"
37 option "cond"           -       "Smoothing: conduction"                         double  no      default="5"
38 option "iterSmooth"     -       "Smoothing: iterations"                         int     no      default="9"
39 option "gradMag"        -       "Calculate gradient magnitude"                  flag    off
40 option "gradMagGauss"   -       "Calculate gradient magnitude using recursive gaussian filter"  flag off
41 option "sigma"          -       "Sigma for gaussian"                            double  no      default="1.0"   
42 option "sigmoid"        -       "Sigmoid function"                              flag    off     
43 option "alpha"          -       "Sigmoid: (A+B)/2 (A to be mapped to 0, B to 1)"        double  no default="1.0"        
44 option "beta"           -       "Sigmoid: (B-A)/6<0 (A to be mapped to 0, B to 1)"      double  no default="0.0"