segmentation/clitkMorphoMathFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKMORPHOMATHFILTER_H
  20 #define CLITKMORPHOMATHFILTER_H
  21
  22 // clitk include
  23 #include "clitkIO.h"
  24 #include "clitkImageCommon.h"
  25 #include "clitkMorphoMath_ggo.h"
  26 #include "clitkConditionalBinaryErodeImageFilter.h"
  27 #include "clitkConditionalBinaryDilateImageFilter.h"
  28
  29 // itk include
  30 #include <itkLightObject.h>
  31 #include <itkBinaryErodeImageFilter.h>
  32 #include <itkBinaryDilateImageFilter.h>
  33 #include <itkBinaryMorphologicalClosingImageFilter.h>
  34 #include <itkBinaryMorphologicalOpeningImageFilter.h>
  35 #include <itkBinaryBallStructuringElement.h>
  36 #include <itkCastImageFilter.h>
  37
  38 namespace clitk {
  39
  40   //--------------------------------------------------------------------
  41   template<class ImageType>
  42   class ITK_EXPORT MorphoMathFilter:
  43     public clitk::FilterBase,
  44     public itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>
  45   {
  46
  47   public:
  48     /** Standard class typedefs. */
  49     typedef itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType> Superclass;
  50     typedef MorphoMathFilter<ImageType>                   Self;
  51     typedef itk::SmartPointer<Self>                       Pointer;
  52     typedef itk::SmartPointer<const Self>                 ConstPointer;
  53
  54     /** Method for creation through the object factory. */
  55     itkNewMacro(Self);
  56
  57     /** Run-time type information (and related methods). */
  58     itkTypeMacro(AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter, ImageToImageFilter);
  59     FILTERBASE_INIT;
  60
  61     /** Some convenient typedefs. */
  62     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  63     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  64     typedef typename ImageType::RegionType   RegionType;
  65     typedef typename ImageType::PixelType    PixelType;
  66     typedef typename ImageType::SpacingType  SpacingType;
  67     typedef typename ImageType::SizeType     SizeType;
  68     typedef typename ImageType::IndexType    IndexType;
  69     typedef typename ImageType::PointType    PointType;
  70     typedef float InternalPixelType;
  71     typedef itk::Image<InternalPixelType, ImageType::ImageDimension> InternalImageType;
  72
  73     /** ImageDimension constants */
  74     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, ImageType::ImageDimension);
  75     typedef itk::Image<float, ImageDimension> FloatImageType;
  76
  77     /** Operation types */
  78     typedef enum { Erode     = 0, Dilate     = 1,
  79                    Close     = 2, Open       = 3,
  80                    CondErode = 4, CondDilate = 5
  81     } OperationTypeEnumeration;
  82
  83     /** Options */
  84     itkGetConstMacro(VerboseFlag, bool);
  85     itkSetMacro(VerboseFlag, bool);
  86     itkBooleanMacro(VerboseFlag);
  87
  88     itkGetConstMacro(BackgroundValue, PixelType);
  89     itkSetMacro(BackgroundValue, PixelType);
  90
  91     itkGetConstMacro(ForegroundValue, PixelType);
  92     itkSetMacro(ForegroundValue, PixelType);
  93
  94     void SetOperationType(int type);
  95
  96     itkGetConstMacro(RadiusInMM, PointType);
  97     void SetRadiusInMM(PointType & p);
  98
  99     itkGetConstMacro(Radius, SizeType);
 100     void SetRadius(SizeType & r);
 101     void SetRadius(int r);
 102
 103     itkGetConstMacro(BoundaryToForegroundFlag, bool);
 104     itkSetMacro(BoundaryToForegroundFlag, bool);
 105     itkBooleanMacro(BoundaryToForegroundFlag);
 106
 107     itkGetConstMacro(ExtendSupportFlag, bool);
 108     itkSetMacro(ExtendSupportFlag, bool);
 109     itkBooleanMacro(ExtendSupportFlag);
 110
 111   protected:
 112     MorphoMathFilter();
 113     virtual ~MorphoMathFilter();
 114
 115     bool m_VerboseFlag;
 116     PixelType m_BackgroundValue;
 117     PixelType m_ForegroundValue;
 118     PointType m_RadiusInMM;
 119     SizeType  m_Radius;
 120     bool m_RadiusInMMIsSet;
 121     bool m_RadiusIsSet;
 122     OperationTypeEnumeration m_OperationType;
 123     bool m_BoundaryToForegroundFlag;
 124     bool m_ExtendSupportFlag;
 125     typename InternalImageType::Pointer input;
 126
 127     virtual void GenerateOutputInformation();
 128     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 129     virtual void GenerateData();
 130
 131   private:
 132     MorphoMathFilter(const Self&); //purposely not implemented
 133     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 134   };
 135
 136 } // end namespace clitk
 137 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 138 #include "clitkMorphoMathFilter.txx"
 139 #endif
 140
 141 #endif //#define CLITKMORPHOMATHFILTER_H