segmentation/clitkMorphoMathGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #include "clitkSegmentationUtils.h"
  20
  21 //--------------------------------------------------------------------
  22 template<class ArgsInfoType>
  23 clitk::MorphoMathGenericFilter<ArgsInfoType>::
  24 MorphoMathGenericFilter():
  25   ImageToImageGenericFilter<MorphoMathGenericFilter<ArgsInfoType> >("MorphMath")
  26 {
  27   // Default values
  28   cmdline_parser_clitkMorphoMath_init(&mArgsInfo);
  29   InitializeImageType<2>();
  30   InitializeImageType<3>();
  31   InitializeImageType<4>();
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::MorphoMathGenericFilter<ArgsInfoType>::
  40 InitializeImageType()
  41 {
  42   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  43   //ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short); //
  44 }
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46
  47
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49 template<class ArgsInfoType>
  50 void clitk::MorphoMathGenericFilter<ArgsInfoType>::
  51 SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  52 {
  53   mArgsInfo=a;
  54   this->SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  55   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  56   if (mArgsInfo.input_given) this->AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  57   if (mArgsInfo.output_given) this->AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  58 }
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60
  61
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63 template<class ArgsInfoType>
  64 template<class FilterType>
  65 void clitk::MorphoMathGenericFilter<ArgsInfoType>::
  66 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  67 {
  68   f->SetVerboseFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  69   f->SetExtendSupportFlag(mArgsInfo.extend_flag);
  70   f->SetOperationType(mArgsInfo.type_arg);
  71   f->SetBackgroundValue(mArgsInfo.bg_arg);
  72   f->SetForegroundValue(mArgsInfo.fg_arg);
  73   f->SetBoundaryToForegroundFlag(mArgsInfo.bound_flag);
  74   if (mArgsInfo.radius_given && mArgsInfo.radiusInMM_given) {
  75     clitkExceptionMacro("Please give --radius OR --radiusInMM, not both.");
  76   }
  77
  78   if (mArgsInfo.radiusInMM_given) {
  79     typename FilterType::PointType p;
  80     if (mArgsInfo.radiusInMM_given) {
  81       ConvertOptionMacro(mArgsInfo.radiusInMM, p, FilterType::ImageDimension, false);
  82       f->SetRadiusInMM(p);
  83     }
  84   }
  85   else {
  86     typename FilterType::SizeType r;
  87     if (mArgsInfo.radius_given) {
  88       ConvertOptionMacro(mArgsInfo.radius, r, FilterType::ImageDimension, false);
  89       f->SetRadius(r);
  90     }
  91   }
  92 }
  93
  94 //--------------------------------------------------------------------
  95 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  96 //--------------------------------------------------------------------
  97 template<class ArgsInfoType>
  98 template<class ImageType>
  99 void clitk::MorphoMathGenericFilter<ArgsInfoType>::
 100 UpdateWithInputImageType()
 101 {
 102   // Reading input
 103   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 104
 105   // Create filter
 106   typedef clitk::MorphoMathFilter<ImageType> FilterType;
 107   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 108
 109   // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
 110   this->SetFilterBase(filter);
 111
 112   // Set global Options
 113   filter->SetInput(input);
 114   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 115
 116   // Go !
 117   filter->Update();
 118
 119   // Write/Save results
 120   typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 121   this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 122 }
 123 //--------------------------------------------------------------------
 124
 125